Isu 'Huguan Siou'

Pada tahun 2013, Jonathan sebagai ahli PKR menyiarkan gambar Anwar Ibrahim yang dianugerahkan "Huguan Siou" (Pemimpin Paramount Kadazan-Dusuns) dalam akaun Facebooknya.[5] Ini kemudiannya membawa kepada kemarahan di kalangan masyarakat Kadazan-Dusun di Sabah sebagai tajuknya adalah "suci" dan hanya boleh digunakan di kalangan masyarakat asli etnik, bukan untuk gelaran negara.[6] Persatuan Kebudayaan Kadazandusun (KDCA) juga menuntut permohonan maaf daripada beliau dan Anwar.[7] Menjawab kritikan itu, Jonathan berkata, "Siapakah saya menghentikan mana-mana individu Kadazan-Dusun daripada memegang mana-mana orang sebagai 'Huguan Siou' Malaysia?".[8] Walau bagaimanapun, Anwar menafikan bahawa dia telah dianugerahkan kehormatan.[6]