Beliau membuat debut profesional pada 2005 ketika berusia 19 tahun. Pada musim panas 2007, beliau telah tamat belajar. Pada Januari 2008, beliau kembali ke bola sepak profesional bersama pasukannya, Universidad Católica. Beliau kemudian ditandatangani oleh Colo-Colo.

Fuenzalida sebahagian daripada skuad Chile yang beraksi di Kejohanan Bola Sepak Remaja Amerika Selatan 2005 di Colombia dan layak ke Kejohanan Remaja Dunia FIFA 2005 di Belanda. Ketika kejohanan itu, beliau menjaringkan dua gol ketika Chile menang 7-0 ke atas Honduras.

Jose Pedro Fuenzalida dipinjam ke O'Higgins pada musim 2008 kerana Colo Colo mempunyai saiz pasukan yang besar dan beberapa pemain perlu dikeluarkan seperti dipinjam atau lain-lain. Beliau menjadi pemain penting di O'Higgins sebelum kembali ke Colo Colo.

Gol antarabangsa