Jython pada asalnya dinamakan JPython dan dicipta oleh Jim Hugunin di penghujung tahun 1997.[3] Tujuan ia dicipta ialah untuk menggantikan C dengan Java untuk kod-kod yang mementingkan prestasi yang digunakan oleh atur-atur cara Python. Pada tahun 1999, Barry Warsaw mengambil alih sebagai pembangun utama dan memindahkan kod JPython ke SourceForge sambil menukar namanya kepada Jython pada tahun 2000.[3]