Penduduk asli kota Jayapura adalah suku Tobati, Kayubatu, dan Kayupulo. Kapan penduduk asli mulai mendiami Jayapura tidak ada satu literatur yang mencatatnya secara pasti. Sebelum mereka kontak dengan pengaruh luar, suasana kehidupan yang berkonotasi rukun, aman, otonom, tenang, dan bebas ada di dalam masyarakat asli tersebut.Perubahan dan kontak yang terjadi antara lain dengan bangsa Portugis yang dikenal dengan perjalanan Columbus, Bartholomeus Diaz, Vasco da Gama, Marco Polo, dan seterusnya. Perjalanan ini kemudian membuat orang Eropah melakukan penemuan dunia-dunia baru dengan tujuan mencari rempah-rempahan. Era pelayaran ini membawa orang Portugis tiba juga di Indonesia pada umumnya dan secara khusus di Irian Jaya.Orang-orang Spanyol pun pernah menginjakkan kaki di Irian Jaya. Sejarah arung samudera mencatat seorang berbangsa Spanyol bernama Ynico Ortis de Fretes pada tanggal 16 Mei 1545 berangkat dari Tidore ke Meksiko dengan kapal disebut San Juan. Dalam perjalanan, ia tiba di Sungai Mamberamo, 16 Juni 1545, kemudian memberi nama wilayah itu beserta orang-orang yang menghuninya, Nova Guinea. Kemudian muncul lagi pengarung lain, antara lain Alvaro Memdana de Neyra (1567) dan Antonio Martha (1591-1593).Tanggal 13 Ogos 1768 satu rombongan dengan kapal laut berangkat dari Nantes, Perancis dipimpin pelaut LA Bougenville kemudian sempat berlabuh di Teluk Yos Sudarso, Jayapura. Ia memberi nama Gunung Dofonsoro (Dobonsolo) menjadi Gunung Cyclops. Nama ini diambil dari nama seorang raksasa Yunani dalam mitos Yunani, raksasa bermata satu dan wajahnya sangat seram. Ia juga memberi nama sebuah gunung di sebelah timur Jayapura di sekitar Skow dengan nama Bougainville.Dalam Besleit (surat keputusan) Gabenor en Hindia Belanda Nomor 4 Tahun tanggal 28 Ogos 1909 kepada asisten Residen, menyebutkan di Manokwari, Irian Jaya, diperbantukan satu detasemen yakni empat perwira dan 80 tentara.Detasemen ini diperbantukan untuk mengadakan persiapan bagi komisi pengaturan perbatasan antara Belanda-Jerman yang akan melakukan tugas pada tahun berikutnya. Ini berdasarkan petunjuk Residen Ternate untuk mengeksplorasi secara teratur daerah tersebut.Tanggal 28 September 1909 Kapal "Edi" mendaratkan satuan detasemen dibawah komando Kapten Infanteri FJP Sache. Mereka seharusnya mendarat di Manokwari, namun akhirnya memilih mendarat di dekat Sungai Nau O Bwai (bahasa daerah Kayupulo yang bererti menghiasi diri) atau lebih popular di masyarakat Kayupulo disebut Numbay ertinya airnya sangat jernih. Kapten Sache dibantu tiga perwira di antaranya Dr Gyllerup dan perwira laut kelas satu JH Luumes yang mengepalai tim komisi perbatasan.Mereka mulai menebang pohon-pohon untuk membuat barak. Di antaranya pohon kelapa sebanyak 40 batang, tetapi segera pula diberikan pembayaran ganti rugi kepada pemiliknya seharga 40 ringgit atau 40 x f 2,50 = f 100 (seratus gulden). Ganti rugi tersebut dinilai sangat besar dimasa itu (tahun 1910). Kemudian seorang ahli sejarah Belanda bernama Kiellich menulis, "Hollandia kostte vierting (40) rijk daalders" ertinya “Jayapura dibeli dengan harga 40 ringgit atau f 100”.Maka berdirilah permukiman Belanda pertama terdiri dari tenda-tenda, kemudian pada tahun 1912 dibangun perumahan-perumahan di sekitar Sungai Numbai. Penghuni pertama Numbay terdiri dari empat perwira, 80 tentara, 60 pemikul, beberapa pembantu, dan istri-istri dari angkatan bersenjata. Jumlah seluruhnya 290 orang.Ada dua sungai masing-masing Numbay dan Anafri yang menyatu dan bermuara di Teluk Numbay atau Yos Sudarso dengan sebutan Sungai Numbay. Sungai Numbay mengalir melalui satu ngarai yang berawa-rawa penuh dengan pohon-pohon sagu dan bermata air di Pegunungan Cyclop. Karena patroli perbatasan Jerman memberi nama "Germanihoek" (pojok Jerman) kepada kompamennya.Sementara itu, Kapten Sache memberi tempat itu dengan sebutan Hollandia pada tanggal 7 Maret 1910. Maka, berubahlah nama dari Numbai menjadi Hollandia. Hollandia yang dimaksudkan Sache adalah tempat di Taman Imbi sekarang ini, sebagai pusat Kota Jayapura.Di Taman itu sekarang berdiri Tugu Yos Sudarso sebagai tempat peristirahatan warga kota pada sore hari. Di sekitar tugu dijual makanan ringan oleh penjual pecah belah, para fotografi kota berkeliaran menawarkan jasa kepada masyarakat yang ingin mengabadikan kenangan didepan tugu.Kelompok masyarakat tertentu di Irian Jaya melihat Taman Imbi dan sekitarnya sebagai tempat bersejarah bagi suku bangsa Papua. Di Taman Imbi itulah menurut masyarakat bendera bintang fajar pertama dikibarkan, 1 Disember 1961, dan diperingati sebagai hari lahir suku bangsa Papua.