Kabupaten Jepara terletak di pantura timur Jawa Tengah, di mana bahagian barat dan utara dibatasi oleh laut. Bahagian timur wilayah kabupaten ini merupakan daerah pergunungan. Wilayah Kabupaten Jepara juga meliputi Kepulauan Karimunjawa, yakni gugusan pulau-pulau di Laut Jawa. Dua pulau terbesarnya adalah Pulau Karimunjawa dan Pulau Kemujan. Sebahagian besar wilayah Karimunjawa dilindungi dalam Cagar Alam Laut Karimunjawa. Penyeberangan ke kepulauan ini dilayani oleh kapal ferry yang bertolak dari Lapangan Jepara. Karimunjawa juga terdapat Lapangan Terbang Dewandaru yang didarati pesawat dari Lapangan Terbang Ahmad Yani Semarang.