Sebelum kedatangan Belanda

Sebelum kedatangan Belanda terdapat beberapa kerajaan yang berada di Kalimantan Timur, diantaranya adalah Kerajaan Kutai yang beragama Hindu, Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura, Kesultanan Pasir, Kesultanan Bulungan.

Era kemerdekaan

Keresidenan Kalimantan Timur

Wilayah Kalimantan Timur selain sebuah wilayah pentadbiran, juga sebagai kesatuan ekologi dan sejarah. Kalimantan Timur sebagai wilayah pentadbiran dibentuk berdasarkan Undang-undang Nombor 25, 1956 dengan Gabenornya yang pertama adalah APT Pranoto.

Sebelumnya, Kalimantan Timur merupakan salah satu dari Wilayah Kalimantan. Sesuai dengan aspirasi rakyat, bermula pada tahun 1956 wilayahnya dipecahkan menjadi tiga bahagian, iaitu Kalimantan Timur, Kalimantan Selatan dan Kalimantan Barat.

Pembentukan wilayah Kalimantan Timur

Daerah-daerah Tingkat II di dalam wilayah Kalimantan Timur, dibentuk berdasarkan Undang-undang No. 27, 1959, Tentang Pembentukan Daerah Tingkat II di Kalimantan (Lembaran Negara Tahun 1955 No.9).

Lembaran Negara No.72 Tahun 1959 terdiri atas:

1. Kotamadya Samarinda, dengan Kota Samarinda sebagai ibu kotanya dan sekaligus sebagai ibu kota wilayah Kalimantan Timur.
2. Kotamadya Balikpapan, dengan kota Balikpapan sebagai ibu kotanya dan merupakan pintu gerbang Kalimantan Timur.
3. Kabupaten Kutai, dengan ibu kotanya Tenggarong
4. Kabupaten Paser, dengan ibu kotanya Tanah Grogot.
5. Kabupaten Berau, dengan ibu kotanya Tanjung Redeb.
6. Kabupaten Bulungan, dengan ibu kotanya Tanjung Selor.

Pembentukan kota pentadbiran

Dalam Perkembangan lebih lanjut sesuai dengan ketentuan didalam UU No. 5 Tahun 1974 Tentang Pokok-pokok Pemerintahan di Daerah, maka dibentuk 2 Kota Administratif berdasarkan Peraturan Pemerintah No. 47 Tahun 1981 dan Peraturan Pemerintah No. 20 Tahun 1989 yakni:

1. Kota Administratif Bontang (berada di Kabupaten Kutai)
2. Kota Administratif Tarakan (berada di Kabupaten Bulungan)

Pembantu Gabenor

Selanjutnya sebagai suatu kesinambungan dari Ketua Gabenor Daerah Tingkat I Kalimantan Timur dalam mengelola pentadbiran pemerintahan dan pembangunan di daerah ini, dibentuk 2 (dua) Pembantu gabenor yang bertugas untuk menyelia wilayah utara dan selatan.

1. Pembantu Gabenor Wilayah Utara, berkedudukan di Kota Tarakan yang dalam hal ini merupakan perpanjangan tangan gabenor untuk Wilayah Kabupaten Berau, Bulungan dan Kota Administratif Tarakan.
2. Pembantu Gabenor Wilayah Selatan, berkedudukan di Kota Balikpapan yang dalam hal ini merupakan kesinambungan tugas gabenor untuk Kotamadya Balikpapan, Kabupaten Kutai, Kabupaten Paser dan Kota Administratif Bontang.

Namun begitu, jawatan bagi kedua-dua Pembantu Gabenor Kalimantan Timur Wilayah Selatan dan Utara tersebut telah ditiadakan sejak tahun 1999. Tujuan utama penghapusan jawatan ini semata-mata untuk memenuhi ketentuan Undang-undang No. 22 Tahun 1999 Tentang Pemerintahan Daerah.

Pembentukan kabupaten dan kota baru

Selanjutnya berdasarkan Undang-Undang No. 47 Tahun 1999 tentang pembentukan Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat, Kabupaten Malinau, Kabupaten Nunukan dan Kota Bontang, maka Provinsi Kalimantan Timur menjadi 12 wilayah administrasi pemerintahan daerah yaitu 8 Kabupaten dan 4 Kota.[5]

Pada tanggal 17 Julai 2007, DPR RI sepakat menyetujui berdirinya Tana Tidung sebagai kabupaten baru di Kalimantan Timur, maka jumlah keseluruhan kabupaten/kota di Kalimantan Timur menjadi 14. Berikut adalah daftar lengkapnya.