Kejohanan Remaja B-20 AFF 2006 telah diadakan di Kuantan, Malaysia pada bulan September 2006. Kejohanan ini disertai oleh pemain bawah 20 tahun. Hanya empat negara mengambil bahagian, tiga dari kawasan ASEAN dan satu ahli bersekutu Australia. Kejohanan ini telah dimainkan di dalam perlawanan kumpulan dengan pemenang dianugerahkan juara.