Berdasarkan Peraturan Menteri Luar Negeri No. 2 Tahun 2016[5], susunan organisasi Kementerian Luar Negeri terdiri atas:

1. Sekretariat Jenderal;
2. Direktorat Jenderal Asia Pasifik dan Afrika;
3. Direktorat Jenderal Amerika dan Eropa;
4. Direktorat Jenderal Kerja Sama ASEAN;
5. Direktorat Jenderal Kerja Sama Multilateral;
6. Direktorat Jenderal Hukum dan Perjanjian Internasional;
7. Direktorat Jenderal Informasi dan Diplomasi Publik;
8. Direktorat Jenderal Protokol dan Konsuler;
9. Inspektorat Jenderal;
10. Badan Pengkajian dan Pengembangan Kebijakan;
11. Staf Ahli Bidang Politik, Hukum dan Keamanan;
12. Staf Ahli Bidang Diplomasi Ekonomi;
13. Staf Ahli Bidang Sosial, Budaya dan Pemberdayaan Masyarakat Indonesia di Luar Negeri;
14. Staf Ahli Bidang Hubungan Antarlembaga; dan
15. Staf Ahli Bidang Manajemen;
16. Pusat Pendidikan dan Pelatihan;
17. Pusat Teknologi Informasi dan Komunikasi Kementerian dan Perwakilan;
18. Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional.

Perwakilan luar negeri

Indonesia saat ini telah memiliki sebanyak 132 perwakilan yang terdiri dari 99 Kedutaan Besar, 3 Perutusan Tetap (untuk PBB di New York dan Jenewa, serta Perutusan Tetap RI untuk ASEAN di Jakarta) serta 33 Konsulat Jenderal dan Konsulat Indonesia dan 64 Konsul Kehormatan.