jmpl|220px|Wilayah kekuasaan kesultanan Kutai (berwarna hijau tua).Pada masa kejayaannya hingga tahun 1959, Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura memiliki wilayah kekuasaan yang sangat luas. Wilayah kekuasaannya meliputi beberapa wilayah otonom yang ada di provinsi Kalimantan Timur saat ini, yakni:

1. Kabupaten Kutai Kartanegara
2. Kabupaten Kutai Barat
3. Kabupaten Mahakam Ulu
4. Kabupaten Kutai Timur
5. Kota Balikpapan
6. Kota Bontang
7. Kota Samarinda
8. Kabupaten Penajam Paser Utara
9. Kecamatan Long Kali, Kabupaten Paser
10. Selat Makassar meliputi wilayah laut kota balikpapan dan kota bontang

Dengan demikian, luas dari wilayah Kesultanan Kutai Kertanegara hingga tahun 1960 adalah seluas 115.426,03 km2.

Pada tahun 1959, wilayah Kesultanan Kutai Kertanegara atau Daerah Istimewa Kutai dibagi menjadi 3 wilayah Pemerintah Daerah Tingkat II, yakni Kabupaten Kutai, Kotamadya Balikpapan dan Kotamadya Samarinda. Dan sejak itu berakhirlah pemerintahan Kesultanan Kutai Kertanegara setelah disahkannya Pemerintah Daerah Tingkat II Kabupaten Kutai melalui UU No.27 Tahun 1959 tentang Pencabutan Status Daerah Istimewa Kutai.