Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat diasaskan oleh Pangeran Mangkubumi pada tahun 1755, dengan baginda digelar Sri Sultan Hamengkubuwono I. Pemerintah Hindia Belanda mengiktiraf Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat melalui kontrak politik sebagai kerajaan dengan hak pemerintahan sendiri. Akhirnya, kontrak politik kesultanan tersebut tercantum dalam Staatsblad 1941 No. 47.Pada saat Pengisytiharan Kemerdekaan Republik Indonesia, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII menghantar sebuah telegram kepada Sukarno selaku Presiden Republik Indonesia. Telegram tersebut mencadangkan penggabungan Daerah Kesultanan Yogyakarta dan Daerah Pakualaman menjadi Daerah Istimewa Yogyakarta serta penggabungan entiti baru itu ke dalam negara Republik Indonesia yang baru. Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Paku Alam VIII kemudian masing-masing menjadi Ketua Daerah dan Timbalan Ketua Daerah yang bertanggungjawab langsung kepada Presiden Republik Indonesia.Kesultanan Yogyakarta kini terletak di pusat Kota Yogyakarta.