Khairul Helmi Johari bermain untuk pasukan Piala Presiden Kedah pada masa mudanya. Beliau telah dinaikkan pangkat daripada pasukan Piala Presiden untuk pasukan senior bersama-sama dengan kawan-kawannya Mohamad Rozaidi Abdul Rahim dan Mohd Hazwan Zainun bermula dari 2007/08. Beliau menandatangani kontrak profesional dalam November 2007. Walau bagaimanapun, beliau dilanda kecederaan.Pada bulan November 2010, Khairul Helmi Johari telah dipanggil ke skuad kebangsaan Malaysia oleh jurulatih K. Rajagopal untuk 2010 Piala Suzuki AFF 2010, walaupun beliau tidak bermain mana-mana permainan pada kejohanan itu kerana Malaysia memenangi tajuk 2010 AFF Suzuki Cup buat kali pertama dalam sejarah mereka.