Khazanah telah diperbadankan di bawah Akta Syarikat 1965 pada 3 September 1993 sebagai syarikat awam terhad dan memulakan operasi setahun kemudian. Kecuali untuk satu saham yang dimiliki oleh Pesuruhjaya Tanah Persekutuan, semua modal saham Khazanah dimiliki oleh Menteri Kewangan Diperbadankan, sebuah badan yang diperbadankan menurut Akta Menteri Kewangan (Pemerbadanan) 1957.

Pada tahun 2018, Kerajaan Malaysia telah memulakan penyusunan semula korporat dan penyusunan semula Khazanah, yang melibatkan perubahan kepimpinan, menyegarkan semula mandat dan objektifnya, dan semakan dan penilaian semula pelaburannya.[2] Perubahan kepimpinan menyaksikan pelantikan Datuk Shahril Ridza Ridzuan sebagai Pengarah Urusan.[3]