Koha telah dicipta pada 1999 oleh Katipo Communications untuk Horowhenua Library Trust di New Zealand. Pemasangan pertama telah dihidupkan pada Januari 2000.

Pada 2001, Paul Poulain (Marseille, France) memulakan dengan menambah ciri-ciri baru kepada Koha, sokongan yang paling signifikan untuk pelbagai bahasa. Koha telah diterjemahkan daripada Inggerisnya yang asal kepada bahasa Arab yang Perancis, Cina dan beberapa bahasa-bahasa lain. Ia menyokong rekod-rekod antarabangsa dan mengkatalog piawaian MARC dan Z39.50 yang mana telah ditambah oleh Paul Poulain pada 2002. Tajaan untuk sokongan MARC dan Z39.50 menerima oleh Nelsonville Public Library.

Pada 2005, sebuah syarikat tempatan Ohio, LibLime, telah membangunkan untuk sokongan Koha dan mereka telah menambah ciri-ciri baru, termasuklah menambah sokongan untuk Zebra, satu kelajuan tinggi pangkalan data mengikut konteks yang telah bertambah secara mendadak kelajuan carian dalam Koha serta meningkat kebolehskalaan sistem itu (membolehkah kini menampung berpuluh-puluh juta rekod bibliografi). Tambahan bagi integrasi Zebra telah ditaja oleh Crawford County Federated Library System .