Persidangan tersebut bermula secara rasmi pada 23 Ogos dan ketika persidangan tersebut, kedua-dua belah pihak telah mencapai kata sepakat dalam beberapa isu iaitu Piagam Pemindahan Hak Kedaulatan, Statut Kesatuan, Perjanjian Ekonomi dan Perjanjian dari segi sosial dan juga ketenteraan.

Selain dari itu juga, kedua-dua belah pihak juga mencapai persetujuan berkenaan pengunduran tentera Belanda "dalam tempoh paling singkat". Pihak Indonesia juga bersetuju bahawa tiada diskriminasi akan dibuat terhadap rakyat dan syarikat Belanda dan berkenaan dengan perjanjian perdagangan yang dahulunya dirundingkan oleh Hindia Timur Belanda, ia akan diambil alih oleh Indonesia. Namun begitu, mereka gagal untuk mencapai kata sepakat mengenai dua perkara; iaitu status Wilayah Papua Barat dan hutang piutang Pentadbiran Hindia Timur Belanda.

Perbincangan mengenai hutang dalaman dan luaran Pentadbiran Hindia Timur Belanda juga dibincangkan dan kedua-dua belah pihak memiliki jumlah tersendiri, menyebabkan perbalahan sama ada Republik Indonesia seharusnya bertanggungjawab ke atas hutang yang dialami oleh Pihak Belanda selepas mereka menyerah kalah kepada Jepun pada 1942. Namun begitu, apabila PBB dan Suruhanjaya PBB mengenai Indonesia masuk campur untuk menyelesaikan masalah tersebut, pihak Indonesia bersetuju untuk melangsaikan separuh daripada hutang tersebut sebagai bayaran untuk pemindahan hak kedaulatan keseluruhan gugusan kepulauan tersebut. Pada 24 Oktober, Delegasi Indonesia bersetuju untuk mengambil alih hutang Kerajaan Hindia Timur Belanda, sekurang-kurangnya berjumlah 4.3 bilion Guilders Belanda.

Isu Papua Barat

Sepanjang persidangan tersebut, kedua-dua belah pihak saling berbalah sama ada patut Papua Barat diserap masuk ke dalam Republik Indonesia atau kekal sebagai Wilayah Jajahan Belanda. Indonesia mendakwa Papua Barat sebahagian daripada wilayah Hindia Timur Belanda, manakala Belanda menyangkal dakwaan Indonesia dengan mengatakan bahawa Papua Barat tidak mempunyai perhubungan etnik dengan mereka. Biarpun pendapat umum Belanda mengatakan bahawa mereka harus menyerahkan Papua Barat kepada Indonesia, namun kerajaan Belanda enggan berkompromi dengan alasan sekiranya mereka bersetuju dengan dakwaan Indonesia, perjanjian tersebut tidak dapat dimeterai. Akhirnya, kedua-dua belah pihak bersepakat untuk mengadakan perbincangan mengenai Papua Barat, setahun selepas selesainya pemindahan hak kedaulatan Hindia Timur Belanda kepada Indonesia.

Namun begitu, Papua Barat masih lagi di bawah penguasaan Belanda, lantas menyebabkan Indonesia berasa tidak puas hati dengan tindakan tersebut. Papua Barat akhirnya digabungkan ke dalam Indonesia melalui Operasi Trikora (singkatan perkataan Tri Komando Rakyat), iaitu penaklukan Tentera Nasional Indonesia (TNI) ke atas Papua Barat pada tahun 1962.

Penamat - penyerahan hak kedaulatan kepada Indonesia

Persidangan tersebut berakhir di Bangunan Parlimen Belanda pada 2 November 1949 dan pada 27 Disember 1949. Belanda secara rasminya menyerahkan hak kedaulatan Wilayah Hindia Timur Belanda kepada Kerajaan Indonesia.