Dalam usaha Sukarno yang menentang penubuhan negara Malaysia, beliau juga telah memulaukan Laporan Suruhanjaya Cobbold yang ditugaskan pada tahun 1962 yang bertujuan untuk meninjau pandangan rakyat Sabah dan Sarawak terhadap penubuhan Malaysia. Sukarno telah melancarkan kempen ‘Ganyang Malaysia’ pada awal 1963. Konfrontasi Sukarno telah berubah daripada sekadar perang kata-kata menjadi konfrontasi ketenteraan, hal ini berlaku selepas Suruhanjaya khusus PBB yang dibentuk untuk mengumpul pendapat rakyat setempat tentang pembentukan Malaysia. Sukarno menjadi semakin tersinggung apabila Tunku mengumumkan terbentuknya Malaysia sebelum Komisi PBB itu mengumumkan hasil siasatannya.

Pada 12 April 1963, sukarelawan perang dan para gerila Indonesia mula bertindak menyelinap masuk ke dalam sempadan Malaysia. Ketika ini, penyelinapan dan pencerobohan masuk mula dengan menyerang Balai Polis Tebedu di Sarawak, yang terletak kira-kira 5 kilometer daripada sempadan Indonesia. Tugas peyelusupan diletakkan di bawah bahu Mejar Benny Moerdani. Namun begitu serangan berjaya dipatahkan oleh Rejimen Askar Melayu Diraja Malaya dan Askar Gurkha.

Pada 29 Disember 1963, gerila perang Indonesia telah melancarkan serangan mengejut ke Pos tentera di Kalabakan, Tawau, Sabah. Serangan mengejut ini dilakukan ketika anggota tentera daripada Kompeni C, Rejimen ke-3 Askar Melayu Diraja sedang bersiap-siap untuk Solat Isyak. Serangan ini telah ditentang oleh Askar Melayu Diraja Malaya dan menyebabkan sukarelawan perang Indonesia berundur ke sempadan mereka.[4]

Pada 1964, gerila Indonesia mulai menyerang wilayah di Semenanjung Malaysia. Pada bulan Ogos, enam belas ejen bersenjata Indonesia ditangkap di Johor. Aktiviti tentera Indonesia di sempadan meningkat. Sehubungan itu, kerajaan Malaysia mengerahkan Angkatan Tentera Malaysia termasuk Rejimen Askar Melayu Diraja dan Rejimen Askar Wataniah bersiap sedia untuk menangani ancaman ganas Indonesia, Tentera Laut Diraja Malaysia dikerah untuk mempertahankan perairan Malaysia. Keanggotaan pasukan tentera Malaysia hanya sedikit yang dikerah dan diletakkan dibahagian pos kawalan sempadan dan kawalan unit komando. Misi utama mereka adalah untuk mencegah pencerobohan gerila Indonesia ke Malaysia. Selain pasukan tentera, kerajaan Persekutuan Malaysia turut menghantar sepasukan polis dari pelbagai cawangan untuk membantu pasukan tentera mempertahankan tanahair. Cawangan Tugas Am, Sukarelawan Polis dan Polis Bantuan ditugaskan untuk mengawal dan membuat rondaan dikampung-kampung dan dikawasan bandar. Sekatan jalanraya dengan pihak tentera dijalankan dengan ketat dan pemeriksaan ke atas orang awam turut dijalankan bagi memastikan tiadanya ejen Indonesia yang menyusup masuk ke dalam bandar dan kampung-kampung dengan menyamar sebagai orang awam. Cawangan Khas ditugaskan untuk membantu Kor Risik Diraja melakukan tugas risikan terhadap kegiatan dan aktiviti subversif yang dilakukan oleh tentera Indonesia, manakala Pasukan Polis Marin membantu Tentera Laut Diraja Malaysia melakukan tugas rondaan diperairan negara serta Pasukan Polis Hutan diaturgerakkan bersama tentera darat memburu gerila Indonesia yang menyusup masuk ke dalam hutan. Pada 16 Ogos, sepasukan Rejimen Askar Melayu Diraja berhadapan dengan lima puluh orang gerila Indonesia.

Meskipun Filipina tidak turut serta dalam kempen tersebut, namun mereka memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia. Persekutuan Malaysia ditubuhkan secara rasmi pada 16 September 1963. Brunei menolak gabungan dengan Malaysia dan Singapura keluar di kemudian hari.

Ketegangan berlaku di kedua belah pihak di Selat Melaka. Dua hari kemudian para perusuh membakar kedutaan Britain di Jakarta. Beratus-ratus perusuh menyerbu kedutaan Singapura di Jakarta dan juga rumah diplomat Singapura. Di Malaysia, ejen Indonesia ditangkap dan wartawan media massa menyerang kedutaan Indonesia di Kuala Lumpur.

Di sempadan Kalimantan, telah berlakunya pertempuran dikawasan sempadan; gerila Indonesia dan pasukan separa tenteranya cuba menceroboh Sarawak dan Sabah, tetapi gagal. Sebahagian besar pihak yang terlibat konflik bersenjata dengan Indonesia ialah askar Britain dan Australia, terutama sekali pasukan khas mereka iaitu Special Air Service(SAS). Dianggarkan, seramai 2000 komando Indonesia (Kopassus) dan 200 anggota SAS British, Australia dan New Zealand terbunuh setelah bertempur di hutan Kalimantan dengan Truper James Condon daripada anggota 22 SAS British menjadi korban pertama dalam pertempuran tersebut.

Pada 17 Ogos, pasukan payung terjun mendarat di pantai barat daya Johor dan cuba membentuk pasukan gerila. Pada 2 September 1964, pasukan payung terjun mendarat di Labis, Johor. Pada 29 Oktober, 52 anggota tentera mendarat Indonesia di Pontian di sempadan Johor-Melaka, tetapi ditangkap oleh pasukan Rejimen Askar Melayu Diraja dan New Zealand, manakala yang selebihnya berjaya ditahan oleh Pasukan Polis Hutan di Batu 20, Muar, Johor.

Konfrantasi Indonesia terhadap Malaysia menjadi semakin tegang apabila Malaysia terpilih sebagai anggota tidak tetap PBB pada bulan Disember 1964. Sebagai protes kepada penyertaan Malaysia menjadi anggota PBB, Indonesia telah menarik diri daripada keanggotaan PBB pada Januari 1965.

Sebagai tandingan Olimpik, Soekarno turut menyelenggarakan GANEFO (Games of the New Emerging Forces) yang diselenggarakan di Senayan, Jakarta pada 10-22 November 1963. Pesta olahraga ini disertai oleh 2,250 atlet dari 48 negara di Asia, Afrika, Eropah dan Amerika Selatan, serta didatangi oleh 500 orang wartawan asing.

Pada Januari 1965, Australia bersetuju untuk menghantar pasukan tenteranya ke Kalimantan setelah mendapat permintaan daripada Malaysia. Tentera Australia menghantar 3 Rejimen Diraja Australia dan Rejimen Australian Special Air Service. Dianggarkan seramai empat belas ribu pasukan tentera British dan Komanwel di Australia pada ketika itu. Secara rasminya, tentera British dan Australia tidak dapat melakukan serangan melalui sempadan Indonesia. Tetapi, unit seperti Special Air Service, baik British mahupun Australia, menyusup masuk secara rahsia (lihat Operasi Claret). Australia melakukan penyusupan ini pada 1966.

Pada pertengahan 1965, Indonesia mula menggunakan pasukan rasminya setelah kesemua pasukan komando dan sukarelawan yang melakukan penyusupan di Malaysia gagal. Pada 28 Jun, mereka menyeberangi sempadan ke timur Pulau Sebatik berhampiran Tawau, Sabah dan cuba melakukan serangan dan sabotaj ke atas kem Rejimen Askar Melayu Diraja di Tawau, namun cubaan itu gagal kerana kem itu berhampiran dengan balai polis dan disedari oleh anggota-anggota polis di situ dan berjaya mematahkan cubaan itu.