Udara

Kota Kupang melalui bandar udaranya, Bandara El Tari terhubung dengan beberapa kota besar lain di Indonesia seperti Jakarta, Surabaya, Semarang, Yogyakarta, Mataram dan Makassar. Selain itu bandara ini juga mempunyai penerbangan langsung dari dan ke luar negeri yaitu ke Australia (yang masih dalam perencanaan), dan Timor Leste(yang masih dalam perencanaan). Dari Kupang juga dapat dilayani penerbangan perintis ke berbagai ibukota kabupaten di Nusa Tenggara Timur.

Laut

dapat melayani kapal-kapal barang maupun penumpang. Dahulu melalui dermaga ini sering melayani kapal penumpang menuju Pante Makasar, Ruteng, Baa, Dili, Kalabahi dan lain-lain.

Darat

Sistem transportasi darat Kota Kupang dilayani oleh minibus angkutan kota yang biasa disebut oplet, taksi dan beberapa rute dilayani oleh bus kota. Sebagian besar rute dalam kota dilayani oleh oplet yang menghubungkan beberapa terminal. Untuk keberangkatan jalan darat ke luar kota dilayani di Terminal Kupang.

Melalui jalan darat pula dilayani bus antarnegara yakni ke Dili. Bus ini disediakan oleh berbagai penyedia layanan termasuk DAMRI. Layanan imigrasi Indonesia-Timor Leste dilaksanakan di Tasifeto Timur-Batugade.