Selepas kejatuhan Portugis di Melaka pada tahun 1641 diatas tangan Belanda, pihak Belanda telah membuat percaturan baru bagi memastikan pemilikan dan keselamatan Melaka sentiasa berada dibawah penguasaannya. Mereka telah membangunkan lebih banyak dinding pertahanan bagi melindungi Melaka dari ancaman musuh. Salah satu kubu terhebat mereka ketika itu adalah Kubu Middleburg, keunikan kubu ini terletak pada aras binaannya yang lebih tinggi di tebing muara Sungai Melaka. Ini memberi peluang kepada mereka menyekat kedatangan musuh khususnya melalui jalan sungai dan muara laut. Pembinaan Kubu Middleburg telah dimulakan pada tahun 1660.