Pada masa awal 23 Disember 2008, Aboubacar Somparé, Presiden Dewan Negara, mengumumkan dalam televisyen bahawa Conté telah meninggal dunia pada 6:45pm waktu tempatan pada 22 Disember "atas penyakit lama",[2] tanpa menjelaskan sebab kematian.[5] Menurut Somparé, Conté "menyembunyikan penderitaan fizikalnya" bertahun-tahun "demi memberi keceriaan kepada Guinea."[5] Conté telah meninggalkan tanah air untuk menerima rawatan beberapa kali dalam beberapa tahun sebelum pemergiannya,[2] dan spekulasi tentang kesihatannya telah lama disebarkan dengan luas. Bertentangan dengan amalan biasanya, Conté tidak muncul dalam televisyen untuk menandakan Tabaski pada Disember 2008, dan ini menyebabkan spekulasi baru, dan juga pengambilan berat terhadap kemungkinan keganasan dalam peristiwa kematiannya. Kira-kira pada masa yang sama, sebuah akhbar menerbitkan sebuah gambar foto mencadangkan bahawa Conté adalah dalam keadaan fizikal yang buruk dan mempunyai kesukaran berdiri. Editor surat khabar ini ditangkap dan akhbar ini diarahkan untuk menerbitkan sebuah gambar menunjukkan Conté kelihatan sihat.[5]

Menurut perlembagaan, Presiden Dewan Negara harus memangku jawatan Presiden Republik ini semasa kekosongan jawatan ini, dan sebuah pilihanraya harus diadakan dalam masa 60 hari.[2] Somparé meminta Presiden Mahkamah Tertinggi, Lamine Sidimé, mengisytiharkan kekosongan jawatan Presiden dan melaksanakan perlembagaan.[2][6] Perdana Menteri, Souaré dan Diarra Camara, ketua tentera, berada di sisi Somparé semasa pengumumannya.[5][7] Mengisytiharkan peratapan negara selama 40 hari bagi Conté,[8][9] Souaré meminta supaya "bawa bertenang dan bertahan". Beliau mengarahkan angkatan tentera supaya mempertahankan sempadan-sempadan dan memelihara ketenangan "sebagai penghormatan kepada peringatan bagi Allahyarham pemimpin yang mulia ini".[9]

Enam jam selepas Somparé mwngumumkan kematian Conté, sebuah pernyataan dibuat dalam televisyen tentang sebuah coup d'etat Guinea.[10] Pernyataan ini, dibuat oleh Kapten Moussa Dadis Camara[11] bagi pihak sebuah kumpulan digelar sebagai Majlis Negara bagi Demokrasi dan Pembangunan (CNDD),[12] mengatakan bahawa "kerajan dan institusi-institusi Republik ini telah dibubarkan". Pernyataan ini juga mengumumkan pemberhentian perlembagaan "dan juga kegiatan politik dan kegiatan persatuan".[11]

Pengebumian Conté diadakan di Conakry pada 26 Disember. Jenazahnya dipamerkan di bangunan parlimen sebelum dibawa ke stadium negara, di mana dihadiri lebih daripada 20,000 orang. Pemimpin-pemimpin negara jiran menghadiri pengebumian ini. Jeneral Mamadou Ba Toto dari CNDD berkata dalam pengebumian ini bahawa "kita berdoa kepada Tuhan untuk memberikan kita keberanian unuk meneruskan kerja [Conté] toleransi dan keamanan bagi kebajikan Guinea". Selepas itu, jenazahnya dikebumikan di kampung Lansanaya di depan mansionnya.[13][14] Jenazahnya dikeluarkan daripada kerandanya dan dimasukkan ke dalam tanah, selepas itu ditutupi oleh debu yang dilambung oleh para peratap. Upacara pengebumian ini mengalami kekacauan, kerana beribu-ribu orang peratap cuba menghampiri kuburnya dan anggota keselamatan mengepung kubur itu.[15]