Arus Laut Karang utama membentuk giro berlawanan arah jam yang merangkumi Arus Australia Timur. Ia membawa perairan miskin nutrien yang hangat dari Laut Karang ke pantai timur Australia ke perairan Laut Tasman yang sejuk. Arus ini adalah yang terkuat di sepanjang pantai Australia dan mengubah 30 juta m3/s air menjadi jalur aliran selebar sekitar 100 kilometer dan kedalaman 500 meter. Arus ini terkuat sekitar Februari dan lemah sekitar Ogos. [3]

Sungai utama yang mengalir ke laut ini adalah Sungai Burdekin, yang mempunyai delta di sebelah tenggara Townsville. Disebabkan variasi bermusim dan tahunan dalam kejadian taufan dan curah hujan (biasanya antara 200 dan 1600 mm/tahun), pelepasan tahunannya boleh berubah lebih dari 10 kali ganda antara dua tahun berturut-turut. Khususnya, dalam tempoh 1920-1999, kadar aliran purata di delta berada di bawah 1000 m3/s pada tahun 1923, 1931, 1939, 1969, 1982, 1985, 1987, 1993 dan 1995; ia melebihi 25,000 m3/s pada tahun 1927, 1940, 1946, 1950, 1951, 1959, 1968, 1972, 1974 dan 1991, dan mencapai sekitar 40,000 m3/s pada tahun 1946. [4] Ketidakaturan ini mengakibatkan turun naik komposisi air laut yang berdekatan dengan delta sungai.

Suhu air permukaan berbeza di selatan laut dari 19 °C pada bulan Ogos hingga 24 °C pada bulan Februari. Cuaca agak panas dan stabil pada 27-28 ° C di utara sepanjang tahun. Kemasinan air adalah 34.5-35.5 ‰ (bahagian per seribu). Airnya sangat jernih, dengan jarak penglihatan sekitar 30 meter (100 kaki) berhampiran terumbu. [5]