Republik Makedonia Utara memerintah di bawah suatu sistem parlimen yang di mana pemerintahannya terdiri dari pemerikatan partai-partai dalam suatu parlimen ekadewan (Собрание, Sobranie) dan sebuah badan kehakiman bebas yang dilengkapi sebuah mahkamah perlembagaan. Parlimen Makedonia Utara terdiri dari 120 anggota yang dilantik setiap 4 tahun sekali. Presiden memegang peranan yang cukup besar dan penting dalam pemerintah Republik sebagai Panglima Angakatan Bersenjata Makedonia serta Jawatankuasa Keselamatan Makedonia Utara. Presiden Republik dipilih setiap 5 tahun sekali dan dapat menjawat sebanyak 2 kali dalam satu-satu masa.

Pemaktuban undang-undang baru pada tahun 2005 menyebabkan pemerintah setempat dibahagi dan diagihkan kepada 78 daerah. Ibu kota Skopje sendiri terdiri dari 10 daerah administratif yang digabung dalam sebuah daerah bernama "Skopje Raya". Daerah administratif di Makedonia mengontrol pemerintahannya sendiri-sendiri. Beberapa daerah administratif berkerjasama dalam berbagai-bahai bidang. Partai-partai politik di Makedonia Utara kebanyakannya wujud berdasarkan asal etnik - terutamanya antara bangsa etnik Makedonia yang majoriti dan bangsa Albania yang minoriti. Isu ketidaksetimbangan kekuasaan kedua-dua etnik ini membawa kepada konflik sivil tahun 2001, dan perselisihan ini diselesaikan dengan Persetujuan Ohrid pada tahun 2004 yang memperuntukkan perwakilan politik lebih kepada etnik bangsa Albania. Pada tahun 2004, Parlimen Makedonia memberikan autonomi yang lebih besar pada daerah-daerah berpendudukan etnik Albania yang besar.