Rancangan penubuhan MRSM Perlis adalah termasuk di dalam Rancangan Pembangunan Malaysia Ke 4. Hasil perbincangan antara MARA dengan Kerajaan Negeri Perlis, akhirnya tapak yang sesuai telah dikenalpasti di Batu 8 ½, Jalan Kaki Bukit, Beseri, Perlis.

Permohonan 6 lot tanah seluas 55.5 ekar telah diluluskan pada 21 Jun 1980 dengan bayaran premium sebanyak RM697,794.04. Kerja-kerja pembersihan tapak maktab yang dahulunya dipenuhi dengan tanaman getah dimulakan pada 28 Oktober 1982. Perletakan batu asas projek pembinaan maktab telah dilakukan oleh Almarhum DYMM Tuanku Syed Putra Jamalulail Raja Perlis pada 28 April 1983 dan dirasmikan oleh baginda pada 6 Julai 1988 bersamaan 22 Zulkaedah 1408.

Pada 26 Mac 1984 kerja pembinaan fasa 1 yang bernilai RM8.6 juta telah dimulakan oleh Syarikat Woodtex Sdn. Bhd. Kerja pembinaan fasa 2A yang bernilai RM1.5 juta telah dimulakan oleh Syarikat Pembinaan Bumira Sdn. Bhd. pada 7 Julai 1986 dan siap pada 12 Oktober 1986. Kerja pembinaan fasa 2B yang bernilai 3.4 juta telah dimulakan pada 28 Oktober 1986 oleh Syarikat KLK Kontrak Bina Sdn. Bhd. dan siap pada 16 Februari 1987.

Kerja pembinaan Fasa 3 yang bernilai RM1.2 juta telah dimulakan pada 27 April 1994 oleh Pembinaan Binajaya dan siap pada 7 Mac 1995. Dengan siapnya kerja pembinaan tersebut, maktab kini dilengkapi dengan pelbagai kemudahan seperti makmal, asrama, dewan selera, bilik komputer, pusat sumber pembelajaran, galeri seni, surau, gelanggang tennis, gelanggang bola tampar, padang bola dan lain-lain.

MRSM Beseri telah mula beroperasi pada 1 April 1985 dengan bilangan tenaga pengajar seramai 44 orang dengan pengetua pertamanya iaitu Tuan Haji Ahmad Roslan bin Johari dan 381 pelajar perintis serta 34 orang kakitangan. Kini bilangan staf akademik berjumlah 71 orang, staf bukan akademik 66 orang, dan lebih kurang 800 orang pelajar di bawah pentadbiran pengetua ke lima En. Saleh bin Osman.