Margrethe tidak diputerakan untuk menggantikan ayahandanya sebagai raja, walaupun baginda ialah anakanda sulungnya kerana hanya putera sahaja yang layak menaiki takhta. Perkara ini berlaku disebabkan perubahan kepada akta pewarisan pada tahun 1850-an apabila cabang kerabat Glücksburg dipilih untuk mewarisi takhta Denmark. Ramai yang menyangka bahawa ayahanda saudara Puteri Margrethe, Arveprins Knud, akan menggantikan ayahandanya sebagai raja.

Proses untuk mengubah perlembagaan negara bermula pada tahun 1947 apabila telah jelas bahawa Permaisuri Ingrid tidak akan lagi mempunyai anakanda. Pada masa ini, ayahanda saudara Margrethe, Putera Knud ialah Pewaris Andaian kepada takhta Denmark. Namun, Raja Frederik dan puteri-puterinya lebih digemari rakyat dan perkara ini menjadi salah satu sebab mengapa perlembagaan Denmark diubah suai untuk membolehkan Puteri Margrethe mengganti ayahandanya kelak. Cadangan ini hanya akan menjadi rasmi jikalau ia dapat diterima oleh dua parlimen negara tersebut beturut-turut dan dengan mengadakan sebuah rujuk suara, yang telah berlangsung pada 27 Mac 1953. Akta Pewarisan yang baru ini mengizinkan puteri untuk menjadi ratu yang memerintah di Denmark. Ia berlandaskan prinsip primogeniture yang mana anak pertama yang akan mewarisi takhta tidak mengira jantina, sama seperti yang sedang berlaku di United Kingdom. Puteri Margrethe kemudiannya menjadi Pewaris Andaian kepada takhta Denmark dan mengambil gelaran tambahan, Tronfølgeren atau Pengikut Takhta.

Puteri Margrethe diakui pada 1 April 1955 di Istana Fredensborg. Pada hari keputeraannya yang ke-18, baginda diberi singgahsana di Dewan Negara, dan bertanggungjawab mempengerusikan segala mesyuarat yang tidak dihadiri oleh bapanya.

Dalam bidang pelajaran pula, Ratu Margrethe telah menuntut di beberapa universiti di Eropah. Baginda mempelajari subjek arkeologi prasejarah di Universiti Cambridge dari tahun 1960 hingga tahun 1961, sains politik di Universiti Aarhus antara 1961-1962, di Sorbonne pada tahun 1963, dan London School of Economics pada tahun 1965.

Pada 10 Jun 1967, Puteri Margrethe mengahwini seorang diplomat Perancis, Henri de Laborde de Monpezat di Gereja Naval. Laborde de Monpezat menerima gelaran "Yang Teramat Mulia Putera Henrik dari Denmark" disebabkan kedudukan barunya sebagai raja kepada seseorang yang akan mewarisi takhta Denmark. Mereka dikurniai dua orang putera: Frederik André Henrik Christian, Putera Mahkota Denmark yang lahir pada 26 Mei, 1968; dan Joachim Holger Waldemar Christian, Putera Denmark, yang lahir pada 7 Jun, 1969. Ratu Margrethe dan rajanya, Putera Henrik mempunyai tiga orang cucunda: YTM Putera Christian; YM Putera Nikolai; dan YM Putera Felix.

Raja Frederik IX mangkat pada 1972 dan Puteri Margrethe ditabalkan sebagai ratu pada 14 Januari 1972, menjadi ratu pertama Denmark yang menaiki takhta di bawah Akta Pewarisan yang baru.