Masjid ini sekian lama menjadi pertikaian antara penganut Islam dan Hindu. Puncanya pertikaian ini ialah masjid ini dikatakan dibina di atas tempat kelahiran Sri Rama. Ia juga menjadi tapak jelmaan dewa Vishnu dan pemerintah Ayodhya. Manuskrip Hindu Brahma Purana [4.4.91] menyatakan Ayodhya merupakan salah satu daripada enam bandar suci bagi agama Hindu. Bandar lain ialah Mathura, Haridvar, Kashi, Kanchi dan Ujjain. Penyair kuno Tulsidas telah menulis tentang Shri Rama Charit Manas di Ayodhya pada tahun 1574. Tetapi Tulsidas tidak menyatakan Masjid Babri sebagai tapak pemujaan Hindu. Inskripsi yang dijumpai di dalam gua Nasik menyatakan tentang kewujudan Rama sekitar tahun 150 M.

Penganut Islam dan Hindu bersembahyang bersama di dalam masjid itu dalam keadaan penuh harmoni pada awal tahun 1857.