Menurut sejarah, Masjid Lebai Zainal yang menampung 150 orang dibina terlebih dahulu berdekatan lokasi semasa masjid sebelum digantikan dengan Masjid Raja Chendering dan kemudiannya digantikan sekali lagi dengan masjid baru iaitu Masjid Sultan Ismail.

Pada tahun 1950, Tengku Abdullah atau Tengku Seri Wa Diraja pada ketika itu menghadiahkan salah satu rumahnya di Kuala Terengganu untuk dijadikan bangunan masjid baru (Masjid Raja Chendering) bagi menampung pertambahan jemaah akibat pertambahan jumlah penduduk.

Pada tahun 1951, penduduk Kampung Chendering bergotong-royong merombak kayu rumah Tengku Seri Wa Diraja dan membawanya dengan lori ke sebuah tapak baru masjid yang diwakafkan Allahyarham Che Dagang. Masjid Raja Chendering diberi nama bagi menghargai jasa Tengku Seri Wa Diraja dalam membina masjid baru.

Selepas itu, masjid tersebut telah melalui 4 kali pengubahsuaian sebelum digantikan dengan Masjid Sultan Ismail yang berkeluasan 4200 kaki persegi yang mampu menampung 500-600 orang jemaah pada satu masa.

Pada tahun 1999, Jawatankuasa Fatwa Negeri Terengganu telah menerima kertas cadangan pembinaan masjid baru (Masjid Sultan Ismail) dan 2 bidang tanah bersebelahan masjid telah diambil semula kerajaan bagi kerja-kerja pembesaran masjid.

Pada tahun 2007 Jabatan Kerja Raya telah menawarkan tender pembinaan dan menyiapkan bangunan baru Masjid Raja Chendering dengan sebut harga sebanyak RM7,480,404.80 selepas diluluskan Jawatankuasa Fatwa Negeri Terengganu. Syarikat Tasland Corporation Sdn.Bhd ditugaskan untuk menyiapkan masjid berkenaan. Masjid ini juga dikenali sebagai Masjid Raja oleh penduduk tempatan.

Pada tahun 2008, masjid baru (Masjid Sultan Ismail) yang dapat menampung 2000 orang mula dibina dengan kos sebanyak RM7.5 juta dan siap sepenuhnya pada 31 Mei 2011.[3] Pada 4 Ogos 2011, masjid tersebut telah diberikan kebenaran untuk beroperasi.[4]