Musim kedua MasterChef Australia membawa beberapa perubahan format. Paling ketara ialah Sarah Wilson, pengacara pada Musim Pertama, tidak hadir untuk musim yang kedua, malah penerbit menggunakan Gary Mehigan dan George Calombaris, dua daripada tiga juri, untuk mengacarakannya.

Tambahan pula, Musim 2 bermula dengan komponen '50 Teratas', bukan dengan fasa ujibakat. Ini membolehkan penonton mula mengenali peserta, dan membolehkan lebih banyak masa digunakan untuk fasa pertandingan sebenar.

Perubahan yang lain ialah ganjaran bagi memenangi Cabaran Cef Selebriti. Dalam Musim 1, pemenang akan menerima laluan mudah terus ke minggi akhir pertandingan. Hal ini dirasakan bermasalah apabila ganjaran tersebut mengasingkan terus peserta dari baki rancangan, yang bermakna mereka tidak perlu lagi menghadapi suasana tekanan seperti yang dialami peserta lain. Mala, dalam Musim 2, peserta yang berjaya dalam cabaran tersebut akan menerima "Pin Kebal", yang mereka boleh gunakan bila-bila masa dalam pertadingan untuk menyelamatkan mereka daripada penyingkiran. Dalam mana-mana Cabaran Chef Selebriti, hanya Marion yang berjaya memenangi pin tersebut dengan mengalahkan Chef Selebriti (Adam juga memenangi pin tersebut, tetapi bukan dengan mengalahkan Chef Selebriti).

Juga berbeza dalam Musim 2 ialah penyingkiran selepas cabaran berpasukan. Dalam Musim 1, semua peserta dari pasukan yang kalah perlu mengundi salah seorang daripada mereka untuk dikeluarkan daripada pertandingan. Hal ini juga bermasalah kerana peserta mungkin akan menyingkirkan peserta yang terbaik demi meningkatkan peluang masing-masing untuk menang. Musim 2, proses penyingkiran turut berubah. Pelbagai jenis cabaran digunapakai untuk menentukan penyingkiran bagi ahli-ahli dari pasukan yang kalah:

• Ujian Kemahiran Asas – peserta melakukan tugasan untuk menguji kemahiran asas, seperti memisahkan kuning telur dan putih telur, membuat sos pesto atau menamakan herba. Cabaran tersebut mungkin dibahagikan kepada beberapa pusingan, dengan menggunakan kaedah '3 yang terbaik', juri mungkin akan memilih peserta yang paling teruk atau terus mengenakan penyingkiran.
• "Perbaiki Hidangan Itu" – peserta akan diberikan hidangan yang dimasak tidak sempurna, dan mereka diberi tugasan untuk perbaikinya. Juri akan menyingkirkan peserta dengan hidangan yang paling kurang memuaskan.
• Ujian Rasa – peserta akan mengikut giliran untuk menamakan bahan yang digunakan dalam hidangan yang disediakan (seperti bouillabaisse atau kari). Peserta yang pertama yang memberi nama bahan yang tidak terkandung di dalam makanan atau gagal memberi apa-apa nama bahan akan disingkirkan.
• Kotak Misteri – lebih kurang Cabaran Kotak Misteri, ahli pasukan ditugaskan untuk menyediakan hidagan yang sesuai untuk satu-satu keadaan (contohnya, hidangan pelengkap bagi sejenis wain).

Tambahan lagi, pemilihan ahli dari pasukan yang kalah untuk menghadapi penyingkiran juga berubah. Pada sesetengah minggu, juri akan memilih dua yang paling teruk, ada sesetengah minggu pula, seluruh ahli pasukan akan berentap dalam cabaran penyingkiran. Ada juga ketika apabila ahli pasukan perlu mencalonkan tiga ahli pasukan mereka.

Dalam Minggu 4, Donna Hay menggantikan Gary Mehigan sebagai panel juri ketika Cabaran Chef Selebriti. Ini dilakukan bagi membolehkan Mehigan bertindak sebagai pemudahcara di dapur ketika cabaran (ini merupakan peranan bekas pengacara Sarah Wilson dalam Musim 1).

Ketika penggambaran Minggu 7, Mehigan telah cedera di kakinya dan tidak dapat menghadiri penggambaran.[3] Dalam tempoh kecederaannya, Matt Moran bertindak sebagai juri bagi mengisi kekosongan bermula Cabaran Chef Selebriti 6 hinggalah kembalinya Mehigan pada Minggu 8.