Datu Mohammad Salleh mengambil tugas bapanya, Datu Balu sebagai ketua kampung di daerah Lingkabo dan Sungai Sugut. Perbelanjaan pentadbiran Datu Mat Salleh adalah daripada pungutan cukai ke atas pedagang-pedagang yang melalui Sungai Sugut pada tahun 1894.

Cukai

Seperti pejuang-pejuang kebebasan yang lain, Mat Salleh bangkit menentang perubahan yang dibawa oleh Syarikat Berpiagam Borneo Utara British ke atas penduduk tempatan di Sabah kerana sistem cukai yang tinggi. Sebelum kedatangan pemerintah asing, wakil kesultanan Brunei dan kesultanan Sulu juga mengutip cukai penduduk tempatan di Sabah. Apabila kedatangan pihak asing, pemimpin tempatan kehilangan kuasa untuk mengutip cukai. Pihak syarikat British mengenakan cukai tinggi bagi menampung perbelanjaan mereka membina laluan kereta api dari Teluk Brunei hingga ke Pelabuhan Cowie, dan juga talian telegraf dari Labuan hingga ke Sandakan yang bertujuan bagi memudahkan perhubungan mereka dan juga penduduk tempatan. Dalam membina laluan kereta api dan talian telegraf ini, di samping mengenakan cukai yang tinggi bagi membangunkan negeri Sabah, pihak Syarikat Berpiagam Borneo Utara British juga dikatakan menggunakan penduduk tempatan sebagai buruh paksa. Sistem buruh paksa ialah satu sistem yang mana sekumpulan orang dipaksa bekerja untuk sebuah syarikat dan sebagainya, dengan tiada bayaran upah atau gaji. Tindakan pihak syarikat yang dianggap menzalimi penduduk tempatan di Sabah ialah salah satu sebab mengapa Mat Salleh bangkit menentang pentadbiran Syarikat Berpiagam Borneo Utara British; beliau berjuang kerana melihat bangsanya ditindas oleh orang asing.

Sistem cukai baru telah diperkenalkan iaitu cukai barang-barang keperluan harian penduduk di Sabah, seperti beras. Cukai beras merupakan tambahan 5% daripada harga beras. Sistem cukai beras ini mendapat bantahan awal daripada kaum Cina, yang mana mereka, diwakili oleh Persatuan Bangsa Cina Borneo Utara pada tahun 1898, telah menghantar kawat bantahan ke London, memohon agar pihak Syarikat mempertimbangkan masalah kenaikan harga cukai beras. Masalah cukai beras ini dikatakan menjadi faktor yang mempengaruhi Mat Salleh dan pengikut-pengikutnya. Mereka berpendapat bahawa “beras ialah makanan asasi semua orang” dan pihak Syarikat British telah menghina penduduk-penduduk tempatan dengan mengupah sebilangan pemimpin tempatan sebagai pengutip cukai bagi pihak syarikat. Pengutip-pengutip cukai ini telah menyalahgunakan kuasa mereka dengan mengenakan cukai yang lebih tinggi.

Selain cukai beras, Syarikat Berpiagam Borneo Utara British juga mengenakan cukai sistem lesen mandatori kepada penduduk-penduduk tempatan yang memiliki perahu. Perahu merupakan alat kenderaan bagi tujuan perhubungan penduduk pada ketika itu. Dengan adanya lesen perahu ini, penduduk negeri Sabah berasa dibebani oleh peraturan lesen perahu yang diperkenalkan oleh pihak Syarikat. Penduduk-penduduk negeri Sabah berasa tidak puas hati dengan peraturan-peraturan baru yang diperkenalkan oleh Syarikat Berpiagam Borneo Utara British. Mereka berpendapat bahawa pihak Syarikat membuat peraturan-peraturan yang sangat membebankan mereka. Hal ini membangkitkan kemarahan pemimpin-pemimpin tempatan kerana syarikat asing itu ingin memecahbelahkan penduduk negeri Sabah.

Penentangan

Syarikat Berpiagam Borneo Utara menggunakan pendekatan kasar dalam menghadapi isu yang dibangkitkan oleh Mat Salleh, dan menyerang Mat Salleh di Jambongan serta memusnahkan kampung Mat Salleh di Sungai Sugut pada tahun 1896.

Datu Mat Salleh bagaimanapun dapat melepaskan diri. Detik perjuangan Datu Mat Salleh menentang pencerobohan dan keganasan Syarikat Berpiagam Borneo Utara bermula pada bulan Julai 1897. Mat Salleh dan pengikut-pengikutnya menyerang dan membinasakan pejabat Pentadbiran Kompeni di Pulau Gaya. Dalam tahun yang sama juga Mat Salleh menyerang dan membakar Pejabat Residen Kompeni di Ambong.

Pada bulan Disember 1897, Inggeris menyerang kubu Mat Salleh di Ranau. Mereka tewas dan banyak askar Inggeris terbunuh. Seterusnya pada bulan Januari 1898, Inggeris sekali lagi menyerang kubu Mat Salleh di Ranau dengan angkatan tentera yang lebih besar.

Mat Salleh terpaksa mengundurkan diri dan membina kota pertahanan yang baru, yang lebih kuat dan kukuh di kampung Tibabar, Tambunan.

Kota utama Mat Salleh di Tambunan ini sangat sukar ditembusi. Kota ini diperbuat daripada batu-bata, kayu serta buluh tidak dapat ditembusi peluru. Setiap penjuru kota dikawal dan terdapat beberapa terowong atau jalan bawah tanah yang rahsia digunakan untuk meminta bantuan-bantuan senjata, makanan dan lain-lain dari luar kota. Jalan rahsia ini juga dijadikan jalan untuk berundur menyelamatkan diri apabila dikepung musuh.

Tidak lama kemudian, pihak Kompeni menawarkan perdamaian dan Mat Salleh bersetuju walaupun ditentang orang-orangnya. Tetapi pada 1899, Kompeni cuba mengambil alih Tambunan daripada Mat Salleh dan menyebabkan peperangan tercetus kembali.

Akhirnya pada 31 Januari 1900, kota Mat Salleh tumbang akibat serangan hebat Kompeni yang berjaya mematahkan pertahanan Mat Salleh. Dan peristiwa itu menandakan gugurnya Mat Salleh sebagai pejuang bangsa.

Kini,[bila?] sebuah tugu dibina oleh Inggeris untuk memperingati kota Mat Salleh itu. Di tugu peringatan itu, tertulis perkataan dalam bahasa Inggeris yang bererti, "Tugu ini menandakan tapak kubu Mat Salleh yang telah ditawan oleh Pasukan Bersenjata North Borneo Constabulary pada 1 Februari 1900. Dalam masa pertempuran itu, Mat Salleh yang telah mengetuai pemberontakan selama enam tahun menentang Pentadbiran Chartered Company menemui ajalnya".