YB. Datuk telah mendirikan rumahtangga dengan isterinya, Datin Joan Maluda sejak tahun 1981. Beliau mempunyai seramai 2 orang anak, Rachel Jane Ongkili dan Andreas Jordan Ongkili. Beliau meminati sukan badminton, golf dan memancing. Selain itu beliau turut cenderung dalam bidang penulisan dan penyelidikan.