Melilla pertama kali dikuasai oleh Kerajaan Fenisia sebelum menjadi sebahagian dari Punic di bawah nama Rusadir. Kemudian ia menjadi sebahagian dari provinsi Mauretania Tingitana milik Rom. Kerajaan Vandal, Byzantine dan Visigothic turut menguasai Melilla selanjutnya. Melilla berada di garisan sempadan Kerajaan Tlemcen dan Fes ketika adipati Medina Sidonia menaklukannya pada tahun 1497, beberapa tahun setelah Sepanyol menguasai kerajaan Al-Andalus milik suku kaum Islam Moor yang terakhir.