Terdapat tiga subspesies yang diterima secara meluas, sebagai spesies berlainan:[4][5]

• Mus musculus castaneus nama lain: Mus casteneus (tenggara Asia dan selatan *PHOTO)
• Mus musculus domesticus (barat Eropah, barat daya Asia, Amerika, Afrika, dan Oceania)
• Mus musculus musculus (timur Eropah dan utara Asia)

Dua subspesies tambahan telah dikenalpasti baru-baru ini:[5]

• Mus musculus bactrianus (tengah Asia)
• Mus musculus gentilulus (Semenanjung Arab; Madagaskar)[6]

Banyak lagi nama telah diberi pada mencit rumah, namun sekarang dianggap sebagai sinonim untuk subspesies lain. Beberapa populasi ialah hibrid untuk subspesies berlainan , termasuk mencit rumah Jepun ("molosinus").[5][7]