Pada tahun 2085, MERCY Malaysia mula memaparkan laporan kewangannya kepada orang ramai melalui penerbitan laporan tahunan. [49] Pertubuhan itu juga memenangi Sebutan Khas oleh ACCA Malaysia pada Anugerah Laporan Sosial dan Alam Sekitar (MESRA) untuk Laporan Sosial oleh sebuah NGO, bagi tahun 2006 [50] dan 2007[51].

Pada tahun 2017, MERCY Malaysia menjadi NGO ketiga di dunia (dan pertama di Asia) untuk mendapatkan pensijilan dari Humanitarian Accountability Partnership (HAP)[52]

Bagi menyelaras bantuan perubatan dan kemanusiaan, MERCY Malaysia telah menggunapakai beberapa kaedah seperti Sphere Standard. Sphere Standard merupakan penentu keperluan minimum mangsa bencana. Ini termasuklah penilaian tahap kesihatan, nutrisi, air, kebersihan serta tempat tinggal. 60 agensi kemanusiaan telah menggunakan pelbagai piawai sejak 10 tahun yang lalu. Piawai penilaian juga dibuat oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu, Persatuan Palang Merah dan Bulan Sabit Merah serta badan-badan bukan kerajaan. [53]