Peace Walker bertempat di Costa Rica pada bulan November 1974, empat tahun selepas peristiwa Portable Ops dan sepuluh tahun selepas Snake Eater. Sebuah kumpulan misteri yang dilengkapi dengan senjata terkini yang disebut sebagai Peace Sentinels (PS) telah digunakan di negara mereka. Walaupun PS yang dilengkapi dengan kuasa menembak yang stabil, kerajaan Costa Rica tidak boleh berbuat apa-apa tentang mereka kerana perlembagaan negara tidak membolehkan penciptaan sebuah angkatan bersenjata. Kehadiran PS mengancam dan membahayakan keseimbangan kuasa antara Timur dan Barat.