Semenjak kecil Dato' Nik Amar dididik oleh ayahandanya serta bersama-sama tinggal dan mendapat pendidikan awal di Pondok Tok Ayah Kedah, Panchor. Dalam masa yang sama Dato' Nik Amar bersekolah di Sekolah Melayu Majlis (1965 - 1971) dan meneruskan pengajian hingga ke peringkat Sarjana Falsafah (MPhil) di United Kingdom.

• 1965 - 1971 Sekolah Melayu Majlis - Sekolah Rendah
• 1972 - 1977 SMU (A) Tarbiah Mardhiah - Sekolah Menengah (6 Bawah)
• 1978 - 1979 Maahad Muhammadi Lelaki - Sekolah Menengah (6 Atas)
• 1979 - 1983 Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) - Sarjana Muda Pengajian Islam
• 1985 - 1988 University of Birmingham, UK - MPhil in Theological Studies