Monsanto diasaskan pada 1901 di St. Louis, Missouri[12] oleh ahli farmasi John Francis Queeny. Beliau membiayai firma itu dengan wang sendiri dan modal daripada pengedar minuman ringan. Ia dinamakan sempena nama isteri Queeny, Olga Mendez Monsanto. Produk pertama syarikat ini ialah bahan tambahan makanan komoditi, seperti saccharin, kafein dan vanilin.[13][14]

Cubaan memperoleh Syngenta

Pada tahun 2015 Monsanto cuba menguasa pesaing agro-bioteknologi Switzerland, Syngenta, dengan harga AS $ 46.5 bilion, tetapi gagal.[15] Pada tahun 2015 Monsanto ialah pembekal benih terbesar di dunia, yang menguasai 26% daripada pasaran benih global (DuPont kedua dengan 21%).[16] Monsanto ialah satu-satunya pengeluar fosforus putih untuk kegunaan ketenteraan di AS.[17]

Pemerolehan oleh Bayer

Pada September 2016, Monsanto bersetuju untuk dibeli oleh Bayer pada harga AS$66 bilion.[18][19] Dalam usaha untuk menerima pelepasan pengawalseliaan bagi perjanjian itu, Bayer mengumumkan penjualan sebahagian besar perniagaan pertanian semasa, termasuk perniagaan benih dan racun rumpai, kepada BASF.[20][21]

Perjanjian itu diluluskan oleh Kesatuan Eropah pada 21 Mac 2018,[22][23] dan diluluskan di Amerika Syarikat pada 29 Mei 2018.[24] Jualan ditutup pada 7 Jun, 2018; Bayer mengumumkan niat untuk menghentikan nama Monsanto, dengan syarikat gabungan yang hanya beroperasi di bawah jenama Bayer.[25][26]