Format rancangan sebelum tahun 1992 ialah juara bulanan, dan digantikan dengan tiga kategori: Pop/Rock, Balada, dan Etnik Kreatif (sebelum 2000, Irama Malaysia). Pembahagian lagu mengikut kategori dimansuhkan pada tahun 2008. Kategori Pop Kreatif dan Rock bertahan pada tahun 1992 sahaja, sebelum pada tahun 1993 digantikan dengan Balada dan Pop Rock.

Lagu-lagu yang dipertandingkan dalam Muzik Muzik tidak lagi dibahagi kepada kategori. Setiap minggu dimuatkan dengan carta dua puluh buah lagu hasil undian penonton, diiringi persembahan oleh pencalonan baru yang layak memasuki carta mulai minggu seterusnya. Penonton boleh mengundi melalui SMS atau borang undian di Internet.

Menjelang akhir setiap tahun, kesemua lagu yang dipertandingkan sepanjang tahun dihitung ketahanannya dalam carta dan bilangan lagu yang sama rata dalam setiap kategori dilayakkan ke peringkat Separuh Akhir. Ketika pusingan Separuh Akhir, kesemua lagu yang layak dipersembahkan lagi di hadapan sebarisan juri yang bakal menentukan siapa yang harus memasuki peringkat Akhir, iaitu Anugerah Juara Lagu (AJL), dan sekali lagi, lazimnya bilangan lagu yang sama rata mengikut kategori dilayakkan ke peringkat AJL yang berprestij.

Tidak semestinya penyanyi asal sesebuah lagu perlu hadir untuk mempersembahkan lagu dendangannya, kerana Muzik Muzik dan AJL bertujuan memberi penghargaan kepada komposer dan penulis lirik lagu Malaysia. Dari tahun 1997 hingga 2005, semua lagu, sama ada berjaya ke Separuh Akhir Muzik Muzik atau Anugerah Juara Lagu adalah berdasarkan penyanyi asal lagu tersebut.