Filem ini dibuka dengan ramalan bahawa Naruto Uzumaki mati berjuang melawan rakasa yang membunuhnya. Pengebumian diadakan untuk Naruto di kampung halamannya, di mana orang lain hadir. Tsunade melihat pada tingkap dan merenung jika semuanya diputuskan oleh nasib.

Adegan filem kembali ke beberapa hari sebelumnya, di mana seorang lelaki bernama Yomi menyerang tempat suci untuk mendapatkan semangat Mōryō, setan yang cuba menakluki dunia dan menciptakan "Kerajaan Seribu Tahun"nya. Oleh kerana dia tidak mempunyai badan, Yomi menawarkan sebagai pengganti sementara sehingga mereka dapat mengambil semula asal Momo itu. Satu-satunya ancaman untuk pelan Mōryō ialah seorang pendeta bernama Shion, yang mempunyai keupayaan untuk menyekat semangatnya sekali lagi; dia juga boleh meramalkan kematian seseorang. Beliau menimbulkan tentera batu dari tidur mereka untuk menyerang seluruh dunia manakala empat bawahannya pergi untuk menghapuskan Shion. Mereka diberi makhluk chakra khas untuk meningkatkan kekuatan mereka.

Untuk menangani ancaman tersebut, Land of Fire menghantar banyak pasukan pendahulunya untuk menguasai tentera batu. Naruto, Sakura Haruno, Rock Lee dan Neji Hyuga dihantar untuk menjaga Shion, dan membawanya ke tempat suci di mana mayat Mōryō disimpan. Mereka menangkis empat pembunuh Shion, dan kemudian Shion meramalkan kematian Naruto yang akan datang. Penerimaan Shion terhadap "nasib"nya, serta sikap mementingkan diri sendiri, menimbulkan serangan Naruto terhadapnya. Ketika mereka menuju ke tempat suci, mereka diserang lagi oleh para pembunuh dan Shion kelihatan terbunuh. Ternyata ruse: yang mati "Shion" sebenarnya adalah hambanya, Taruho, bertindak sebagai umpan oleh penggunaan Jutsu Pemindahan Badan Cermin Bayangan. Selepas Neji memberitahu Naruto untuk mengawal Shion ke kuil sahaja, Shion menjelaskan bahawa ramalannya menjadi apabila orang lain datang untuk melindungi dirinya sendiri. Naruto menegaskan bahawa dia akan bertahan dan juga akan menjaga Shion selamat.

Bersama-sama, Sakura, Lee dan Neji mengalahkan pembunuh, Semasa Naruto dan Shion ke kuil gunung di mana mayat Mōryō disimpan, tentera batu sedang menunggu. Naruto menghalang tentera itu, manakala Shion memimpin ke dalam untuk memulakan ritual mementerai, di mana Yomi menipu Shion untuk memulakan teknik dengan Yomi di dalam penghalang, yang membolehkan semangat Mōryō untuk menyatukan kembali dengan tubuh Yomi. Selepas Kakashi Hatake, Might Guy, Shikamaru Nara dan Temari memusnahkan tentera batu, Naruto datang untuk menyelamatkan Shion. Setelah Shion melihat ramalannya akan kematian Naruto menjadi kenyataan, Shion menggunakan kuasa locengnya untuk mengubah nasib Naruto. Dia dapat memanfaatkan kekuatannya yang sebenar, yang bermaksud untuk membunuh dirinya sendiri dan Mōryō untuk menyelamatkan Naruto (yang dia telah menaruh perasaannya). Naruto berhenti beberapa saat sebelum kematiannya, dan mencipta sebuah {{nihongo|Rasengan|螺旋丸|lit. sfera lingkaran gergasi dengan menggabungkan chakra Shion dengannya. Naruto memacu Rasengan ke Mōryō dan memusnahkannya.

Dalam adegan terakhir, Naruto meminta Shion apa yang dia mahu lakukan sekarang. Dia menjawab bahawa Mōryō adalah setan yang diciptakan oleh pemikiran gelap manusia, dan bahawa ia pasti akan menjadi satu lagi Mōryō suatu hari nanti. Oleh itu, dia mengatakan bahawa dia mesti meneruskan barisan para pendeta yang akan menindas setan seperti Mōryō. Shion kemudian meminta Naruto jika dia akan membantunya (kias seleweng bertanya sama ada Naruto akan menjadi bapa kepada anaknya), menyebabkan Sakura, Kakashi dan Lee terkejut. Naruto, seperti tidak faham, bersetuju tanpa menyedari makna kedua soalan Shion.