Di pantai yang terpencil, pertempuran malam-malam berkecamuk di antara ninja pasir dan pahlawan berperisai besar-besaran seperti robot. Gaara dan sekumpulan ninja pasir mendapat kelebihan dan ketika para pejuang yang tersisa mulai mundur kembali ke lautan, mereka menembak api ke malam untuk menunjukkan kapal perang besar yang menunggu di luar pesisir.

Sementara itu, Naruto Uzumaki, Shikamaru Nara dan Sakura Haruno sedang dalam misi untuk mendapatkan kembali seekor musang peliharaan yang hilang ketika mereka juga diserang oleh pejuang berperisai serta seorang ksatria misteri bernama Temujin. Setelah pertempuran singkat, kedua Temujin dan Naruto diletupkan di tebing berdekatan. Shikamaru dan Sakura berlari ke tepi untuk melihat apakah mereka dapat melihat rakan mereka, apabila tiba-tiba mesin besar, seperti katedral yang bergerak besar, membajak melalui hutan dan berehat tidak jauh.

Naruto dan Temujin bangun untuk menemukan diri mereka di kafilah bergerak yang dipimpin oleh Kahiko dan Emina. Nasib baik burung musang, Nerugui, telah selamat dari musim gugur dan menyukai Temujin seperti pada Kahiko yang ditakuti oleh Naruto adalah orang yang memerintahkan misi tersebut. Shikamaru menyiasat katedral dan menemui sebuah bilik yang dipenuhi dengan buah yang mengandungi manusia. Dia menyaksikan dua orang, Kamina dan Ranke yang bersekutu dengan Temujin, kelihatan mengaktifkan buah yang kelihatannya menggunakan manusia untuk menempatkan jiwa di setiap badan tentera yang berperisai.

Temujin meninggalkan kafilah untuk kembali ke bahagiannya sendiri dengan Naruto di belakang. Kembali di katedral, Temujin memperkenalkan Naruto kepada seorang lelaki bernama Master Haido. Haido memberitahu Naruto dan Temujin tentang Batu Gelel, mineral kuat misterius yang mengawal kafilah perjalanan yang mana klan yang dimusnahkan itu kehilangannya. Haido merancang untuk mendapatkan batu itu agar dunia dapat damai. Naruto dan Temujin menuju ke pantai, di mana Gaara mengalahkan Ranke dan Kamina melarikan diri, sementara Shikamaru dan Sakura menyelamatkan Kahiko dari Fugai. Temujin mengimbas kembali kenangan masa lalunya, sebelum Shikamaru menahannya dan bersatu kembali dengan yang lain. Mereka menyoal siasat dengan Temujin, tetapi dia dan Kahiko meninggalkan kafilah. Di Gelel Mine, Naruto dan rakan-rakan menghadapi Haido kerana mengorbankan sesiapa sahaja. Ketika Haido dan Naruto mengejar Kahiko dan Temujin di bawah lif platform, Shikamaru, Sakura dan Kankuro mengalahkan Kamina dan Fugai. Di Kamar Pengedap, Haido memberitahu Temujin bahawa dia membunuh orang tuanya. Setelah menghancurkan batu Teumjin, Haido berusaha menggunakan kekuatannya yang sebenarnya untuk membunuhnya, tetapi tentera yang berkorban tiba untuk menyelamatkan Temujin yang bertobat. Oleh kerana Naruto menggunakan Rasengan hijau dan oren (螺旋 丸, sfera lingkaran cahaya, manga Inggeris: "Spiral Chakra Sphere") untuk menghancurkan batu dan mengalahkan Haido, Naruto, Temujin dan Kahiko menemui lombong yang kehilangan kendali. Temujin menggunakan Space-Time Hole untuk memusnahkan lombong dan Naruto menyelamatkannya.

Semasa mendapat kredit, Temujin yang dipulihkan dan anak-anak berlayar, dan mengucapkan selamat tinggal kepada Naruto dan sekutu.