Natrium permanganat mempunyai warna ungu gelap atau hijau gelap, bergantung kepada arah cahaya. Sebatian ini merupakan sebatian lembap cair.

Natrium permanganat memiliki hidrat-hidrat seperti bentuk monohidrat dan trihidrat, dengan bentuk monohidrat, NaMnO4·H2O merupakan hidrat yang paling umum. Bentuk trihidrat terbentuk di bawah suhu 33.7 ℃ dan monohidrat pula terhasil di atas suhu tersebut.[1]