Naver telah diwujudkan pada Jun 1999 sebagai laman web portal Korea Selatan yang pertama yang menggunakan enjin pencarian tersendiri. Pada bulan Ogos 2000, Naver memulakan perkhidmatan 'pencarian komprehensif', yang membolehkan pengguna memperoleh pelbagai hasil daripada carian pada satu halaman, yang diaturkan mengikut jenis, termasuk blog, laman web, imej, kafe, dan sebagainya. Ini adalah lima tahun sebelum Google melancarkan perkhidmatan yang sama dengan fungsi 'carian universal'.

Pada masa awal operasi Naver, terdapat kekurangan relatif laman web yang terdapat dalam bahasa Korea. Untuk mengisi kekosongan ini, Naver menjadi perintis awal dalam kandungan dijana pengguna melalui penciptaan perkhidmatan 'Knowledge iN (Hangul: 네이버 지식인)' pada tahun 2002. Dalam Knowledge iN, pengguna boleh menimbulkan persoalan mengenai sebarang subjek dan memilih antara jawapan yang disediakan oleh pengguna lain, memberikan mata kepada pengguna yang memberikan jawapan yang terbaik. Knowledge iN dilancarkan tiga tahun sebelum Yahoo! melancarkan perkhidmatan 'Yahoo! Answers', [4] dan kini mempunyai pangkalan data lebih daripada 200 juta jawapan.

Selama bertahun-tahun, Naver terus mengembangkan perkhidmatannya. Ia melancarkan perkhidmatan komik web yang dikenali sebagai 'Webtoon' pada tahun 2004 dan perkhidmatan blog peribadi pada tahun 2005. Dari 2005 hingga 2007, Naver memperluaskan perkhidmatan carian multimedia, termasuk carian muzik dan video serta carian mudah alih.