Dia dipersalahkan oleh musuh politiknya, Cyril dari Alexandria sebagai Nestorianisme, kerana menentang amalan terkenal yang memanggil Dara Maria "Ibu Tuhan" theotokos. Dia dikutuk dalam Majlis Mesyuarat Efesus sebelum penyokongnya dapat tiba dan dia kemudiannya dipecat daripada jawatannya. Akibatnya ialah penciptaan Gereja Assyria Timur, dari sempadan Parsi dan jauh dari Yunani.