Selepas perang saudara semakin stabil di selatan, timbulkan pula konflik Darfur di barat Sudan pada 2003. Apabila terjadi pemberontakan, Al-Basyir telah menyokong dan membantu militia Islam, Janjaweed untuk melawan pemberontak di wilayah Darfur itu. Tetapi Al-Basyir menafikan pernah membantu Janjaweed. Janjaweed dikatakan mendapat bantuan senjata dari kerajaan Sudan. Kapal terbang mengebom pangkalan pemberontak di barat. Pegawai penyiasat Amerika Syarikat melaporkan berlaku penghapusan etnik di Darfur. Al-Basyir menyatakan pemberontak di Darfur telah dihapuskan sejak Februari 2004. Konflik masih berterusan walaupun perjanjian gencatan senjata telah ditandatangani . Pada 29 Hun 2004 Setiausaha Negara AS , Colin Powell telah bertemu dengan al-Basyir dan menggesa al-Basyir menamatkan krisis, membuat perjanjian keamanan dengan pemberontak dan menamatkan sekatan terhadap bantuan kemanusiaan. Kofi Annan bertemu dengan Al-Basyir tiga hari kemudian dan menggesa melucutkan senjata militia Janjaweed.

Pada September 2006, semasa berucap di Perhimpunan Agung PBB di New York, beliau mahu tentera dari Kesatuan Afrika ditempatkan di Darfur sehingga Darfur kembali aman. Kemudian 7000 tentera dari Kesatuan Afrika dihantar dan kekal sehingga 312 Disember 2006.

Satu rundingan teknikal berlangsung di Addis Ababa pada 11-12 Jun 2007. Rundingan ini disertai oleh Kesatuan Afrika, PBB dan kerajaan Sudan.