Perbandingan genetik menunjukkan bahawa orang utan Tapanuli tersimpang dari orang utan Sumatera sejak kira-kira 3 juta tahun yang lalu,[1][4][6] tetapi menjadi lebih terisolasi selepas letusan Danau Toba yang berlaku kira-kira 75,000 tahun yang lalu. Mereka telah meneruskan hubungan sporadis yang terhenti sekurang-kurangnya 10,000 hingga 20,000 tahun yang lalu. Berbeza pula orang utan Tapanuli dengan orang utan Borneo yang tersimpang kira-kira 670,000 tahun lalu. Orang utan telah mengembara dari Sumatera ke Borneo memandangkan kedua-dua pulau ini dihubungkan oleh jambatan darat sebahagian daripada Sundaland semasa tempoh glasier. Julat semasa orang utan Tapanuli dipercayai berhampiran dengan kawasan di mana keturunan orang utan pertama kali memasuki apa yang kini Indonesia dari tanah besar Asia.[1]

==HuraianOrang utan Tapanuli lebih menyerupai orang utan Sumatran barbanding orang utan Borneo dari segi tubuh badan dan warna bulu.[1][6] Walau bagaimanapun, mereka mempunyai rambut keriting, kepala yang lebih kecil dan muka yang rata.[7][8] 'Panggilan panjang' orang utan Tapanuli jantan adalah lebih tinggi berbanding orang utan Sumatera, dan lebih panjang dan mempunyai lebih denyutan berbanding dengan orang utan Borneo.[1] Pemakanan mereka juga unik, yang mengandungi perkara luar biasa seperti ulat dan kon konifer.[8]