Kedudukan Daerah Kecil Pagalungan terletak di Bahagian Pedalaman Negeri Sabah dalam daerah Nabawan, kira-kira 98 KM dari Pekan Nabawan dan kira-kira 25 KM dari sempadan Malaysia-Indonesia, dan mempunyai keluasan kira-kira 205,661.30 hektar manakala keluasan Pekan Pagalungan 560.92 ekar.

Daerah Kecil Pagalungan terbahagi kepada 2 Mukim iaitu Mukim Pagalungan dan Mukim Pensiangan, mempunyai penduduk seramai 7,640 orang dan 99 buah kampung.