ANBU (暗部, Pasukan Gelap) adalah singkatan kepada "Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai" (暗殺戦術特殊部隊, Skuad Taktikal dan Pembunuhan Hendap) dan merupakan satu pasukan gelap khas di bawah perintah langsung Kage di kampung masing-masing. ANBU bertugas untuk melindungi kampung dari ancaman luar, dihantar untuk menyempurnakan misi rahsia kelas tinggi dan berurusan dengan ninja-ninja yang kuat. Mereka juga turut terlibat dalam misi-misi pembunuhan hendap, penyeksaan, misi mengesan jejak, pemantauan atau misi yang memerlukan ninja berpengalaman tinggi. ANBU selalunya akan bekerja dalam kumpulan dengan bilangan anggota yang "diperlukan" untuk menyempurnakan sesuatu misi untuk memastikan misi disempurnakan dengan jayanya. Sekiranya seseorang ninja dari unit ANBU tercedera dalam pertarungan (lalu kalah), mereka dikehendaki untuk memusnahkan diri mereka sendiri untuk mengelakkan maklumat kampung mereka terdedah kepada ninja dari kampung lain. Ninja dalam unit ANBU dipilih sendiri oleh Kage; pemilihan berdasarkan kebolehan individu dan skil-skil khas. Umur, jantina atau pangkat terdahulu tidak menjadi faktor kepada "keputusan" pemilihan mereka sebagai ahli unit ANBU.

ANBU memakai topeng berbentuk ukiran haiwan untuk penyamaran dan membezakan mereka daripada ninja-ninja biasa. Mereka juga memiliki pakaian khas yang terdiri daripada perisai badan berwarna hitam dan kelabu, dirah tangan dan tatu khas berbentuk lingkaran di bahu kiri mereka (ANBU wanita memiliki tatu yang dicacah di bahu kanan mereka). Sesetengah ANBU memakai kain pelindung berwarna gelap dan ketua pasukan boleh memakai kain pelindung berwarna putih. Ke semua ANBU membawa "Ninjato" yang juga sebilah pedang pendek yang sering disangkut di belakang mereka.

Tidak terdapat susur galur yang jelas mengenai pangkat dalam ANBU seperti mana dalam pasukan biasa. Kepimpinan pasukan dan turutan adalah berdasarkan merit dan pengalaman. Ketua kepada sesuatu pasukan kecil ANBU dipanggil Buntaichō (分隊長), satu posisi yang dipandang tinggi dalam unit kecil tersebut. Terdapat beberapa pecahan unit atau sub-unit dalam ANBU, di mana ianya menyasarkan kepada tujuan penyempurnaan misi-misi yang berlainan. Di Kirigakure contohnya, terdapat pasukan Ninja Pemburu yang bertujuan semata-mata untuk menangkap ninja-ninja pelarian dari kampung mereka. Bagi Konohagakure pula, mereka memiliki unit ANBU Penderaan Dan Pisit-memisit yang bertujuan untuk menyoal siasat dan mendera tahanan untuk mengumpul maklumat-maklumat penting tentang musuh. Walaupun unit tersebut telah dibubarkan, namun wujud satu unit ANBU yang digelar "Ne" (根, Akar) yang akan melakukan misi-misi yang dianggap terlalu rahsia dan tidak bertindak di bawah arahan langsung Hokage sebelum ini.

ANBU "Ne"

Di Konohagakure, terdapat satu unit ANBU khas yang dipanggil Ne (根, Akar) ataupun "Root". Ia diketuai oleh ninja veteran bernama Danzō. Ahli-ahli ANBU "Ne" dihantar ke misi-misi yang dianggap boleh menguntungkan Konoha dan mereka dilatih untuk mengyingkirkan segala bentuk perasaan dengan tujuan agar segala arahan Danzō tidak dipersoalkan. Ahli ANBU "Ne" juga memiliki satu kuncian yang diletakkan di atas lidah mereka dan bertujuan untuk mengelakkan mereka membocorkan rahsia mengenai Danzō atau unit ANBU "Ne" kepada orang lain. Ketika serangan oleh Pain, Danzō telah mengarahkan agar ANBU "Ne" tidak membantau dalam mempertahankan Konoha.

• Nama: "Ne" (根, Akar)
• Pemimpin: Danzō
• Ahli Diketahui: Dajimu, Fū, Hyō, Sai, Shin, Tera, Terai, Torune
• Kaitan: ANBU, Konohagakure
• Status: Aktif (tapi telah dibubarkan)

Misi

Pemusnahan Pemberontak dari Amegakure

• Diarahkan Kepada: Semua
• Kesudahan: Gagal

Danzō telah bersekutu dengan pemimpin Amegakure; Hanzō untuk membantu beliau menewaskan pemberontakan oleh Yahiko dengan pulangan Hanzō akan membantu Danzō untuk menjadi Hokage. Walaupun gabungan mereka berjaya membunuh Yahiko, namun mereka telah ditewaskan oleh Nagato yang mengamuk di atas kematian Yahiko dan telah membunuh ramai ninja dari Amegakure dan ANBU "Ne" yang ada di medan pertarungan. Hanya Hanzō yang dilihat berjaya melarikan diri.

Pembunuhan Hendap "Kumpulan Pembunuh Hendap Hannya"

• Diarahkan Kepada: Tidak diketahui
• Kesudahan: Berjaya

Danzō pernah mengarahkan pembunuhan hendap ke atas "Kumpulan Pembunuh Hendap Hannya" dari Negara Kayu. Arahan tersebut dilihat berjaya dilaksanakan, namun menurut Fū dan Torune, masih terdapat saki-baki daripada kumpulan tersebut yang menyasarkan ANBU "Ne".

Menyelinap ke Kubu Persembunyian Orochimaru

• Diarahkan Kepada: Sai
• Kesudahan: Gagal

Danzō mengarahkan Sai untuk menyertai Pasukan Kakashi yang menjalankan misi memburu Sasuke Uchiha. Ketika misi ini berjalan, Sai telah menghampiri Orochimaru atas arahan daripada Danzō. Sai telah memberikan janji bahawa ANBU "Ne" akan membantu orochimaru memusnahkan Konoha. Apabila Orochimaru menerima tawaran tersebut dan membawa Sai ke kubu rahsiuanya, di situlah bermulanya misi Sai iaitu mempertahankan Konoha dengan membunuh Sasuke Uchiha. Sai yang telah berkawan baik dengan Naruto akhirnya tidak mahu menyempurnakan misi tersebut.

Penaklukan Konoha

• Diarahkan Kepada: Semua (kecuali Sai)
• Kesudahan: Berjaya (tergantung, Danzō dipilih sebagai Hokage sementara)

Ketika Pain menyerang Konoha, Danzō telah melarang unit ANBU "Ne" mempertahankan Konoha dengan harapan tindakan Pain akan dapat membantu dirinya dilantik sebagai Hokage. Berikutan penaklukan oleh Pain, Danzō telah dipilih menjadi Hokage Keenam buat sementara. Hanya Sai yang diketahui tidak terlibat dalam misi tersebut kerana dia berada bersama Yamato dan Anko Mitarashi yang sedang memburu Kabuto

Meninjau Naruto

• Diarahkan Kepada: Sai
• Kesudahan: Berterusan (dianggap gagal)

Selepas Danzō dilantik sebagai Hokage Keenam oleh daimyo dari Negara Api, dia telah emngarahkan Sai untuk memerhatikan tindak-tanduk Naruto dans egala tindakan di luar kebiasaan dilaporkan kepada Danzō secara terus. Oleh kerana Danzō masih belujm mendapat kata setuju daripada ninja Jonin di Konoha untuk membolehkannya menjadi Hokage yang sah, dia perlu memastikan Naruto (yang dianggap hero Konoha kerana menewaskan Pain dan statusnya sebagai jinchuriki) dalam keadaan yang selamat. Bagaimana pun, Sai telah membelot dan menyelamatkan Naruto.

Menjejak Anko

• Diarahkan Kepada: Dajimu dan Tera
• Kesudahan: Berterusan

Ketika Anko dalam misi memburu Kabuto, Danzō menghantar Dajimu dan Tera untuk menjejak bekas murid Orochimaru; Anko. Oleh kerana situasi terkini dialami oleh Konoha, Danzō mengarahkan misi tersebut ditunda dan ditukarkan dengan misi menjejak kabuto sebelum Anko berjaya melakukannya.

Menjejak Kabuto

• Diarahkan Kepada: Terai
• Kesudahan: berterusan

Oleh kerana Kabuto berkemungkinan mengetahui hubungan Danzō dan Orochimaru dan kebolehannya dalam bidang perubatan boleh digunakan untuk mengubati tangan dan mata kanannya, Danzō mengarahkan Terai untuk menjejak Kabuto.

Memerhati Sai dan Naruto

• Diarahkan Kepada: Dua orang anak buah Torune yang tidak bernama
• Kesudahan: Gagal

Meragui kesetiaan Sai kepada dirinya, Danzō telah mengarahkan dua anggota ANBU "Ne" untuk memantau Sai yang diarahkan untuk memantau Naruto. Bagaimana pun, Kakashi dan Konohamaru telah membantu Naruto melarikan diri dan bergegas ke Perhimpunan Kage dan membuatkan Sai seolah-olah masih menurut arahan Danzō.

Melindungi Danzō

• Diarahkan Kepada: Fū dan Torune
• Kesudahan: Berterusan

Ketika persiapan untuk melibatkan diri ke Perhimpunan Kage di Negara Besi sedar bahawa dia dibenarkan membawa dua orang pengawal tanpa sebarang pengecualian. Danzō telah memilih dua orang anggota ANBU "Ne" iaitu Fū dan Torune. Torune juga turut mengarahkan dua anak buahnya untuk memastikan naruto tidak meninggalkan Konoha ketika ketiadaan mereka seandaiannya Sai membelot mereka. Bagaimanapun, dua pengawal tersebut telah dipindahkan oleh Madara Uchiha ke dimensi yang lain.

Mendapatkan Byakugan

• Diarahkan Kepada: Fū
• Kesudahan: Gagal

Ketika Ao membongkar rahsia Danzō membelot semua Kage, Danzō mengarahkan Fū untuk mendapatkan mata Byakugan yang dimiliki oleh Ao. Fū telah menggunakan taktik khas untuk mendapatkan kembali "harta benda Konoha" untuk Danzō, namun dia telah dihalang oleh Mizukage Kelima dan telah diperangkap emngakibatkan misinya gagal.