Manusia yang menetap di Papua New Guinea dianggarkan dimulai sejak 50,000 tahun yang lalu. Penduduk kuno ini mungkin berasal dari Asia Tenggara, sementara mereka yang berasal dari Afrika telah tiba sejak 50,000 sehingga 70,000 tahun yang lalu. Pulau Papua merupakan salah satu benua pertama setelah Afrika dan Eurasia yang dihuni oleh manusia moden, dengan penghijrahan pertama pada waktu lebih kurang sama dengan yang di Australia. Pertanian dikembangkan secara mandiri di dataran tinggi Pulau Papua sekitar 7,000 SM, membuatnya menjadi salah satu dari sedikit daerah domestik tanaman asli di dunia. Migrasi utama penutur bahasa Austronesia datang ke daerah pantai sekitar 2,500 tahun yang lalu, dan ini berkorelasi dengan pengenalan tembikar, babi, dan teknik-teknik memancing tertentu. Baru-baru ini, sekitar 300 tahun yang lalu, ubi jalar memasuki Pulau Papua, yang telah diperkenalkan ke Maluku dari Amerika Selatan oleh kekuasaan kolonial dominan lokal, Portugal.[7] Panen ubi jalar yang meningkat telah mentransformasi pertanian tradisional secara radikal; ubi jalar menggantikan sebahagian besar bahan pokok sebelumnya, talas, dan memberikan peningkatan yang signifikan pada populasi di dataran tinggi.