Pada 3 April 2017, peranti yang mengandungi kira-kira satu kilogram (2.2 lbs) bahan letupan diletupkan di kereta api melalui terowong antara stesen Sennaya Ploshchad dan Tekhnologichesky Institut Saint Petersburg Metro.[9][11][12] Berikutan laporan letupan, semua stesen metro di Saint Petersburg ditutup dengan cepat.[9][3] Pada lewat petang, perkhidmatan metro telah disambung semula di jalur ketiga, keempat, dan kelima.[6]

Sebuah bom kedua ditemui di stesen Ploshchad Vosstaniya dan kemudiannya dimatikan. Peranti ini dilaporkan menggunakan skru dan serpihan dan disembunyikan dalam alat pemadam api yang mengandungi kira-kira 1 kilogram (2.2 lb) TNT.[13]