Dalam perjalanan pulang ke Kaherah berikutan kemenangan di Ain Jalut, Qutuz dibunuh beberapa amir dalam satu komplot yang diketuai Baibars.[10] Baibars menjadi Sultan baharu. Pewaris-pewarisnya akan terus menawan negara Salibi terakhir di Tanah Suci pada tahun 1291 M. Mongol sekali lagi tewas pada Pertempuran Homs Pertama kurang setahun kemudian, dan diusir terus daripada Syria.

Konflik saudara menghalang Hulagu Khan daripada mengenakan kekuatan penuh terhadap Mamluk bagi membalas kekalahan di Ain Jalut. Berke Khan, dari Kekhanan Kipchak di Rusia, memeluk Islam dan melihat dengan perasaan terpempan semasa saudaranya Mongke memusnahkan Khalifah Abbasiyyah, ketua agama Islam. Sejarawan Muslim Rashid-al-Din Hamadani, memetik Berke sebagai menghantar perutusan ini kepada Mongke Khan, membantah serangan terhadap Baghdad (tanpa menyedari bahawa Mongke telah meninggal dunia di China):

Dia (Hulagu) telah melanggar dan memusnahkan semua kota Muslim, dan menyebabkan kematian Khalifah. Dengan pertolongan Allah saya akan membuatnya menjawab pertumpahan darah mereka yang tidak berdosa.

[11] Pihak Mamluk, yang mendapat maklumat daripada para pengintip bahawa Berke seorang Muslin dan tidak sebulu dengan sepupunya memupuk perhubungan bai dengan Berke dan kekhanannya.

Selepas penyelesaian pewarisan Mongol, dengan Kublai terpilih sebagai Khan Agung (Khagan) terakhir, Hulagu pulang ke tanah airnya pada tahun 1262 M, dan mengumpul tenteranya untuk menyerang Mamluk dan membalas dendam kekalahan di Ain Jalut. Walau bagaimanapun, Berke Khan memulakan beberapa serangan kuat yang mengumpan Hulagu ke utara, berjauhan dari Levant untuk bertemunya. Hulagu mengalami kekalahan teruk dalam satu percubaan untuk menyerang Kaukasus pada tahun 1263 M. Ini ialah peperangan terbuka pertama antara Mongol dan menjadi titik tolak berakhirnya satu empayar bersatu.

Hulagu hanya mampu menghantar tentera kecil seramai dua tumen dalam percubaan tunggalnya untuk menyerang Mamluk selepas Ain Jalut, dan serangan itu dapat dipatahkan Mamluk. Hulagu Khan meninggal dunia pada tahun 1265 M dan diganti anaknya Abaqa Khan.