Presiden Jorge Rafael Videla merupakan orang utama yang melancarkan perang kotor ini. Pada mulanya, beliau memberi alasan kononnya perang ini adalah untuk membendung penularan ideologi komunisme di Amerika Selatan. Walaupun begitu, beliau telah menggunakan perang itu sebagai taktik untuk menghapuskan kesemua pembangkangnya. Sewaktu junta ini berkuasa antara 1976 hingga 1983, adalah dianggarkan bahawa lebih 9,000 pihak pembangkang termasuk pemimpin parti pekerja, para intelek dan mereka yang menentang regim ini telah ditahan secara haram dan kemudiannya "dilesapkan". Kumpulan hak asasi manusia di sana percaya angka sebenar adalah dua kali ganda daripada anggaran ini. Antara tempat yang terkenal sebagai pusat penyeksaan termasuklah Sekolah Mekanik Tentera Laut atau Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA). Adalah dianggarkan dari lebih 5,000 orang yang disoalsiasat dan diseksa di sini, hanya 150 yang masih hidup.

Dua tahun selepas kejatuhan regim itu pada tahun 1985, sembilan pemimpin junta ini telah ditahan atas pelbagai jenis jenayah, termasuk penyeksaan dan pembunuhan. Bagaimanapun, lima tahun kemudian, mereka diampunkan oleh Presiden Carlos Menem. Pada tahun 1986 dan 1987, atas ancaman pegawai-pegawai tentera, Presiden Raul Alfonsin terpaksa melaksanakan undang-undang amnesti untuk melindungi mereka daripada tindakan undang-undang bagi jenayah mereka yang lalu.