Kerana mempunyai hal-hal yang perlu diuruskan di tanah air sendiri, Frederick meninggalkan Baitul Maqdis pada bulan Mei. Walaupun dia gagal membuatkan Paus menarik balik pengucilan, namun kini Frederick telah menunjukkan bahawa satu-satu perang salib mampu berjaya sekali pun tanpa kelebihan dari segi ketenteraan mahu pun sokongan pihak Paus. Perdamaian sementara itu yang tidak diterima pada mulanya berakhir pada 1239; Baitul Maqdis diambilalih oleh orang Turki Khwarezm dalam satu pengepungan pada tahun 1244.[2]

Frederick telah mewujudkan duluan dalam mencapai kejayaan perang salib tanpa penglibatan pihak Paus. Perang-perang salib selanjutnya dilancarkan oleh raja-raja perseorangan seperti Louis IX dari Perancis (Perang Salib Ketujuh dan Perang Salib Kelapan) dan Edward I dari England (Perang Salib Kesembilan) yang sebenarnya menunjukkan penghakisan kekuasaan pihak Paus.