Hubungan antara Indonesia dengan Amerika Syarikat sentiasa mengalami naik-turun. Amerika Syarikat sebagai sebuah kuasa terbesar berusaha menekan Indonesia untuk menegakkan demokrasi dan hak asasi manusia di dalam negaranya. Kongres Amerika Syarikat juga memberi penekanan berterusan ke atas Indonesia, serta mempersoalkan kesahan pemasukan wilayah Papua dalam Republik Indonesia. Di bidang ketenteraan, pihak Amerika telah membatalkan sekatan persenjataan Tentera Nasional Indonesia. Sekatan itu pada mulanya dilakukan kerana Amerika menganggap bahawa Tentera Nasional Indonesia telah melakukan pelanggaran hak asasi.