Dalam sel haiwan, peroksisom menguraikan asid-asid lemak berantai amat panjang melalui pengoksidaan beta menjadi asid lemak berantai sederhana sebelum dibawa ke mitokondrion untuk diuraikan menjadi karbon dioksida dan air. Dalam sel tumbuhan, keseluruhan proses ini hanya berlaku di peroksisom.[5][6]

Tindak-tindak balas awal dalam penghasilan plasmalogen berlaku di peroksisom. Plasmalogen ialah komponen utama mielin pada sel saraf.

Tindak balas oksidatif

Peroksisom memiliki enzim-enzim oksidatif seperti oksidase asid D-amino dan oksidase asid urik (tiada pada manusia).[7] Enzim-enzim tertentu, dengan bantuan molekul oksigen, membuang atom hidrogen pada substrat organik, R lalu menghasilkan hidrogen peroksida, H2O2.

RH 2 + O 2 ⟶ R + H 2 O 2 {\displaystyle {\ce {RH2 + O2 -> R + H2O2}}}

Katalase, satu lagi enzim peroksisom menggunakan hidrogen peroksida untuk mengoksidakan substrat-substrat seperti fenol, formaldehid dan alkohol.

H 2 O 2 + R ′ H 2 ⟶ R ′ + 2 H 2 O {\displaystyle {\ce {H2O2 + R'H2 -> R' + 2H2O}}}

Apabila hidrogen peroksida wujud secara berlebihan, katalase akan menguraikan molekul ini menjadi air dan oksigen.

2 H 2 O 2 ⟶ 2 H 2 O + O 2 {\displaystyle {\ce {2H2O2 -> 2H2O + O2}}}